Das Kloster befindet sich in Ein Karem, etwa 7 km südwestlich der Altstadt von Jerusalem.

Im Jahr 1869 beschloss der Archimandrit Antonin (Kapustin), der die Russische Geistliche Mission in Jerusalem leitete, ein Grundstück mit zwei Häusern und einer Olivenplantage in 7 km Entfernung von der Altstadt zu erwerben. Dieser Ort liegt in der Nähe des Dorfes Ein Karem, das als Geburtsort von Johannes dem Täufer und als Ort der Begegnung zwischen der Jungfrau Maria und der gerechten Elisabeth gilt. Der Eigentümer des Grundstücks, der ehemalige Dolmetscher des französischen Konsulats in Jerusalem, Hanna Djeljad, verlangte 4000 Napoleon-Dor (etwa 25.000 Rubel in Silber) dafür. Zur Sammlung dieses Betrags wurde in Russland ein spezieller Ausschuss gegründet.

Nach dem Kauf des Grundstücks im Jahr 1871 ließen sich dort Nonnen und Pilger nieder. Die erste Kirche des Klosters wurde am 14. Februar 1883 zu Ehren der Ikone der Gottesmutter von Kasan geweiht und wurde zur Hauptkirche der Abtei, in der die wundertätige Ikone der Gottesmutter von Kasan aufbewahrt wird. Rechts vom Eingang zur Kasan-Kirche befindet sich ein Stein, auf dem, so die Überlieferung, Johannes der Täufer predigte. Dieser Stein wurde aus der Umgebung von Jerusalem, in der Nähe der „Wüste“ von Johannes dem Täufer, neben dem modernen Dorf Even-Sapir, gebracht.

Im Jahr 1898 erhielt die Gemeinschaft der Nonnen den Status eines Klosters vom Heiligen Synod, und im Jahr 1903 wurden hier Werkstätten für Ikonenmalerei und Goldstickerei eröffnet, die das Kloster mit Lebensmitteln versorgten.

Im Jahr 1910 begann der Bau einer Kathedrale, die zu Ehren der Heiligen Dreifaltigkeit geweiht werden sollte, aber die Arbeiten wurden aufgrund des Ausbruchs des Ersten Weltkriegs unterbrochen.

Bis 1914 lebten im Kloster etwa 200 Nonnen, die auf Anordnung der osmanischen Behörden gezwungen waren, die Abtei zu verlassen und nach Alexandria zu ziehen. Im Jahr 1918 kehrten sie in das bereits beschädigte Kloster zurück, das durch ihre Anstrengungen wiederhergestellt wurde.

Seit 1920, aufgrund fehlender Verbindung zum Moskauer Patriarchat, unterstand das Kloster und die Russische Geistliche Mission der Russisch-Orthodoxen Kirche im Ausland (ROKA). Im Jahr 1924 erhielt die Gornenski-Gemeinschaft erneut den kanonischen Status eines Klosters.

Viele Nonnen, die in diesen Jahren in die Abtei kamen, waren russische Emigrantinnen, die über Bessarabien und Serbien ins Heilige Land geflohen waren. Nur wenige Novizinnen waren Araberinnen.

Im Jahr 1945, nach dem Besuch von Patriarch Alexius I. im Heiligen Land, gab es unter den Schwestern Meinungsverschiedenheiten über die Jurisdiktion, und die Mehrheit unterstützte den Übergang zum Moskauer Patriarchat. Das Patriarchat von Jerusalem stellte diesen Schwestern eine griechische Kirche in Ein Karem zur Verfügung. Im Juli 1948, während der Operation „Nachschon“, begannen die Bombardierungen von Ein Karem, und die Schwestern flohen in den jordanischen Teil Palästinas (Ölbergkloster).

Nach der Gründung des Staates Israel im Jahr 1948 wurden das Kloster und die Gebäude der Russischen Geistlichen Mission von den israelischen Behörden an die sowjetische Regierung (Moskauer Patriarchat) übergeben. Seit Mitte der 1950er Jahre wurde das Kloster zum einzigen Frauenkloster des Moskauer Patriarchats außerhalb der UdSSR.

Im Jahr 1997 wurde der Bau der Kathedrale zu Ehren der Heiligen Dreifaltigkeit wieder aufgenommen, der 2007 zum 160-jährigen Bestehen der Abtei abgeschlossen wurde. Am 28. Oktober 2007 wurde die Kirche mit einem kleinen Ritus zu Ehren aller Heiligen, die im russischen Land leuchteten, geweiht, und am 12. November 2012 vollzog der Moskauer Patriarch Kyrill die große Weihe der Kirche. In der Abtei leben etwa 60 Schwestern.