16 апреля 1898 года началось строительство здания для будущего Епархиального училища. Работы велись под руководством опытных инженеров и были успешно завершены за три года.

11 сентября 1901 года областной инженер Н.Ф. Кундухов провел осмотр нового здания и не обнаружил никаких дефектов. В газете отмечалось:

"Здание представляет собой величественное трехэтажное сооружение с красивым фасадом, выходящим на Котляровскую улицу (ныне Седина). По своим размерам и архитектурной красоте оно занимает первое место в городе, уступая лишь зданию Окружного суда, и то только в отношении величины, являясь ценным украшением этой части города".

Здание отличалось узорчатой каменной кладкой, разнообразием оконных проемов и богатым декором фасада. Над входом, на уровне третьего этажа, вместо стекол был установлен цветной витраж. Внимание привлекала высокая кровля продолговатой формы, покрытая чешуйчатым, гофрированным оцинкованным железом и украшенная ажурной золоченой сенью, а также изящный многогранный купол с сияющим крестом.

В училище принимали девочек, окончивших три класса церковно-приходской школы, и они обучались там восемь лет на полном пансионе. После окончания они получали звание сельского учителя и могли преподавать в гимназии до пятого класса.

Ученицам выдавали форму: коричневое шерстяное платье и черный фартук, а для посещения церкви разрешалось надевать белый праздничный фартук. В старших классах форму заменяли на более красивое платье фиолетового цвета.

В 1913 году к основному корпусу добавили пристройки по бокам и построили отдельный двухэтажный дом в том же стиле.

Последний выпуск состоялся в 1917 году после Февральской революции. Среди выпускниц Екатеринодарского епархиального училища было много талантливых учительниц начальных школ. Особенно выделялась Валентина Хрисанфовна Лотоцкая (в замужестве Кирлиан), известная своим острым умом и исследовательским талантом. Она, вместе с мужем, открыла и изучала "новое явление" в природе, известное как "эффект Кирлиан".

В 1920-1921 годах в здании размещался госпиталь. После Великой Отечественной войны в той части, где изначально была часовня, обустроили спортивный зал. Во время войны здание сильно пострадало, и после реконструкции в 1950 году приобрело нынешний вид. Фасад был упрощен, а купол домовой церкви и чешуйчатая кровля были снесены.

Сейчас в этом здании находится Медицинская академия.