Астраханское епархиальное женское училище открылось 16 октября 1866 года при Благовещенском монастыре и изначально было трехклассным. Это событие стало значимым для Астрахани, так как в городе тогда существовало лишь три средних учебных заведения. Училище предназначалось для дочерей духовенства, но также принимало дочерей чиновников, почетных граждан, военных, купцов, мещан и крестьян. Спустя десять лет оно стало шестиклассным, а количество учениц достигло двухсот. Из-за увеличения числа учащихся возникла необходимость в новом здании. Средств у епархии не было, поэтому 40 тысяч рублей были получены от Священного Синода в виде займа.

В 1884 году началось строительство по проекту архитектора Фолърата на углу улиц Николо-Часовенной и Новоисадной (ныне улицы Чалабяна и Ногина). Здание, построенное за два года, было крупным угловым сооружением с храмом в восточной части, посвященным святым Вере, Надежде, Любови и их матери святой Софии. Общая стоимость строительства составила более 60 тысяч рублей, часть из которых была внесена из личных средств Преосвященного. В «Астраханских епархиальных ведомостях» сообщалось, что 18 сентября 1886 года в новом здании была освящена церковь. Однако вскоре помещений снова стало не хватать, и в 1895 году преосвященный Митрофан нашел 30 тысяч рублей для расширения. Архитектор Карягин разработал проект пристройки вдоль Крестовоздвиженской улицы (ныне ул. Н. Качуевской). В 1904 году Карягин проектировал надстройку третьего этажа, и в 1908 году проект был реализован, придав зданию современный вид трехэтажного корпуса. Известно, что фундамент из дикого камня бывшего монастырского храма был использован в основании корпуса.

В 1918 году училище закрылось, и в здании разместились госпиталь и лазарет, позже там открылась школа II ступени. В 1925 году это была школа №5 имени Клары Цеткин. В начале Великой Отечественной войны, с 1941 по 1942 год, здесь находился полевой эвакуационный госпиталь, а с 1943 по 1946 год, Сталинградское суворовское военное училище. В 1947 году здание снова стало средней школой №5 имени М. Горького. С 2001 года это образовательное учреждение «Лицей №3». В декабре 2012 года городская администрация постановила передать здание Русской Православной Церкви до января 2018 года. Современный вид здание приобрело в 1908 году. Это массивное трехэтажное угловое здание, каждый этаж которого имеет свое оформление окон. В угловой части, где был храм, здание украшал шестигранный купол с башенкой и крестом, но он сгорел в 1949 году и не был восстановлен. Из трех выходов на улицу, оформленных чугунным литьем, до наших дней сохранился только один на улице Ногина.