Das Astrachaner episkopale Mädchenschule wurde am 16. Oktober 1866 im Blagoweschenski-Kloster eröffnet und war ursprünglich dreiklassig. Dieses Ereignis war bedeutend für Astrachan, da es in der Stadt damals nur drei mittlere Bildungseinrichtungen gab. Die Schule war für die Töchter des Klerus gedacht, nahm aber auch die Töchter von Beamten, Ehrenbürgern, Militärs, Kaufleuten, Bürgern und Bauern auf. Nach zehn Jahren wurde sie sechsklassig, und die Anzahl der Schülerinnen erreichte zweihundert. Aufgrund der steigenden Schülerzahl entstand die Notwendigkeit für ein neues Gebäude. Die Diözese hatte keine Mittel, daher wurden 40.000 Rubel als Darlehen vom Heiligen Synod erhalten.

1884 begann der Bau nach dem Entwurf des Architekten Fol'rat an der Ecke der Straßen Nikolochasovennaya und Novoisadnaya (heute Chalabyan und Nagin). Das in zwei Jahren errichtete Gebäude war ein großes Eckgebäude mit einem Tempel im östlichen Teil, der den Heiligen Glauben, Hoffnung, Liebe und ihrer Mutter der Heiligen Sofia gewidmet war. Die Gesamtkosten des Baus betrugen über 60.000 Rubel, von denen ein Teil aus persönlichen Mitteln des Hochwürdigen stammte. In den "Astrachaner episkopalen Nachrichten" wurde berichtet, dass am 18. September 1886 die Kirche im neuen Gebäude geweiht wurde. Doch bald wurde der Platz wieder knapp, und 1895 fand der Hochwürdige Mitrophan 30.000 Rubel für die Erweiterung. Der Architekt Karyagin entwarf einen Anbau entlang der Kreuzerhöhungstraße (heute N. Kachuevskaya Straße). 1904 entwarf Karyagin den Ausbau des dritten Stocks, und 1908 wurde das Projekt umgesetzt, wodurch das Gebäude das moderne Aussehen eines dreistöckigen Körpers erhielt. Es ist bekannt, dass das Fundament aus wildem Stein der ehemaligen Klosterkirche im Fundament des Körpers verwendet wurde.

1918 wurde die Schule geschlossen, und im Gebäude wurden ein Krankenhaus und ein Lazarett untergebracht, später wurde dort eine Schule der II. Stufe eröffnet. 1925 war es die Schule Nr. 5 benannt nach Clara Zetkin. Zu Beginn des Großen Vaterländischen Krieges, von 1941 bis 1942, befand sich hier ein Feld-Evakuierungskrankenhaus, und von 1943 bis 1946 die Stalingrader Suworow-Militärschule. 1947 wurde das Gebäude wieder zur Mittelschule Nr. 5 benannt nach M. Gorki. Seit 2001 ist es die Bildungseinrichtung "Lyzeum Nr. 3". Im Dezember 2012 beschloss die Stadtverwaltung, das Gebäude bis Januar 2018 an die Russische Orthodoxe Kirche zu übergeben. Das moderne Aussehen erhielt das Gebäude 1908. Es ist ein massives dreistöckiges Eckgebäude, dessen jede Etage eine eigene Fenstergestaltung hat. An der Ecke, wo der Tempel war, schmückte das Gebäude eine sechseckige Kuppel mit einem Türmchen und einem Kreuz, die jedoch 1949 verbrannte und nicht wiederhergestellt wurde. Von den drei Ausgängen zur Straße, die mit Gusseisen verziert sind, ist bis heute nur einer in der Nagin-Straße erhalten geblieben.