Протопоповский переулок отходит на восток от Проспекта Мира, примерно посередине между Садовым кольцом и Третьим транспортным кольцом (площадь "Кресты", площадь Рижского вокзала). Он соединяет начальные участки основной и дублирующей трасс Ярославского шоссе, а именно Проспекта Мира и Переяславской улицы. Этот район Москвы был освоен довольно поздно. В 1706 году сюда, в пустынную местность к востоку от Ростовского шоссе, перенесли Аптекарский огород, который ранее находился возле Кремля на Воздвиженке (территория усадьбы Талызиных, ныне Музей архитектуры им. А.В. Щусева). В 1806 году огород передали Московскому университету, и он стал основой для Ботанического сада, который сохранился к югу от Протопоповского переулка, первоначально называвшегося Аптекарским.

В конце XIX и начале XX века северную часть переулка, уже известного как Протопоповский (вероятно, по фамилии владельца одного из участков), заняло Братолюбивое общество. На его средства здесь был построен благотворительный комплекс, включавший Дом дешевых квартир и Мариининскую богадельню. Архитектором выступил И.П. Машков, который занимал должность архитектора Братолюбивого общества.

Комплекс домов дешевых квартир в Протопоповском переулке интересен тем, что был построен в несколько этапов за короткий срок. Он состоит из нескольких малоэтажных зданий. Первые проекты были разработаны И.П. Машковым в 1890 году, а строительство завершилось в 1898 году. Основным требованием было удешевление строительства, поэтому здания украшены скромно, но уже на первом этапе в фасады включили классические фронтоны.

В 1910 году здания отремонтировали, добавив декоративные рельефы в стиле ампир и неоампир. Эти работы проводились в преддверии 100-летия Отечественной войны 1812 года, когда в Москве было популярно использование элементов архитектуры "послепожарной Москвы".

В настоящее время в здании проводится поддерживающий ремонт и работы по адаптации для современного использования.