Дом, построенный для семьи томского губернатора Германа Августовича Тобизена, первым принял в своих стенах цесаревича Николая, который провел там всего пару дней. Губернаторы, сменявшие друг друга, прожили в этом доме менее четверти века. В революционные годы здание стало символом свободы и штабом большевиков. Однако дольше всего по адресу ул. Советская, 45 находился Дом ученых, который сегодня представляет собой небольшой городок со своим театром, конференц-залом, советом и библиотекой.

С момента своего основания Томская губерния испытывала нехватку опытных администраторов, и все томские губернаторы приезжали из Санкт-Петербурга или Москвы, не задерживаясь надолго. С 1804 по 1889 год казна обеспечивала их съемным жильем. Лишь к концу XIX века было решено построить муниципальный губернаторский дом, который ныне известен как Дом ученых. До этого времени государство арендовало у золотопромышленников Королевых особняк на улице Набережная реки Ушайки. Этот дом, с которого открывался вид на реки и затомские луга, посещали Г.С. Батеньков и исследователь Арктики барон Врангель.

Первым губернатором, для которого в Томске был специально построен дом, стал Герман Августович Тобизен. Это было связано с переездом губернского управления в новое здание на площади Ново-Соборной и развитием университетов, что сместило культурный и деловой центр города в этот район.

Губернаторство Тобизена совпало с визитом в Томск Великого князя Николая, будущего императора. Тобизен организовал все приготовления к его приезду, включая строительство павильона на въезде в город. К приезду Николая II срочно достраивали и дом губернатора, который стал его временным жильем. Проект дома был заказан у архитекторов В.В. Хабарова и П.П. Нарановича. Хабаров, прибывший из Петербурга, уже занимал должность губернского архитектора, а Наранович работал над проектами для Сибирского университета.

Несмотря на то, что над проектом работали два известных архитектора, строительство затянулось, но приезд цесаревича ускорил процесс. Были выделены дополнительные средства на подготовку дома для высокого гостя. К приезду Николая II все двадцать комнат были отделаны и обставлены. Цесаревич прибыл в Томск 5 июля 1891 года, провел два дня в городе, встречаясь с духовенством и чиновниками, и затем покинул его.

Во время Великой октябрьской революции дом губернатора стал Домом Свободы, где разместились революционные организации. Здесь проходили собрания большевистской фракции и студентов, базировался Совет рабочих и солдатских депутатов. Дом стал штабом Красной гвардии, и белогвардейцы безуспешно пытались его захватить. В здании также находилась редакция газеты «Красное знамя».

После восстания против Колчака в декабре 1919 года на здании было водружено красное знамя, и оно стало местом размещения военно-революционного совета. В 1920-х годах дом был передан ученым. В годы Великой Отечественной войны здесь находился штаб мобилизации науки и техники.

Томский Дом ученых стал третьим в России после Москвы и Петрограда. Его основателем и первым директором был Николай Сигизмундович Пойзнер, а помогала ему актриса Ольга Павловна Боярская. С 1995 года Дом ученых является частью Томского государственного университета систем управления и радиоэлектроники (ТУСУР). В 2005 и 2006 годах при поддержке администрации Томской области и ТУСУРа в здании был проведен капитальный ремонт.