Das Haus, das für die Familie des Gouverneurs von Tomsk, Hermann Augustowitsch Tobizen, erbaut wurde, empfing als erstes den Zarewitsch Nikolai, der dort nur ein paar Tage verbrachte. Die sich abwechselnden Gouverneure lebten weniger als ein Vierteljahrhundert in diesem Haus. In den revolutionären Jahren wurde das Gebäude zum Symbol der Freiheit und zum Hauptquartier der Bolschewiki. Am längsten befand sich an der Adresse ul. Sowetskaja, 45 das Haus der Wissenschaftler, das heute eine kleine Stadt mit eigenem Theater, Konferenzsaal, Rat und Bibliothek darstellt.

Seit seiner Gründung hatte die Tomsker Provinz einen Mangel an erfahrenen Administratoren, und alle Tomsker Gouverneure kamen aus Sankt Petersburg oder Moskau und blieben nicht lange. Von 1804 bis 1889 stellte die Staatskasse ihnen Mietwohnungen zur Verfügung. Erst gegen Ende des 19. Jahrhunderts wurde beschlossen, ein kommunales Gouverneursgebäude zu errichten, das heute als Haus der Wissenschaftler bekannt ist. Bis zu diesem Zeitpunkt hatte der Staat ein Herrenhaus an der Uferstraße des Flusses Ushajka von Goldgräbern gemietet. Dieses Haus, von dem aus man einen Blick auf die Flüsse und die Tomsker Wiesen hatte, wurde von G.S. Batjenkov und dem Arktisforscher Baron Wrangel besucht.

Der erste Gouverneur, für den in Tomsk ein Haus speziell erbaut wurde, war Hermann Augustowitsch Tobizen. Dies war mit dem Umzug der Provinzverwaltung in das neue Gebäude am Neuen Kathedralenplatz und der Entwicklung der Universitäten verbunden, was das kulturelle und geschäftliche Zentrum der Stadt in dieses Gebiet verlagerte.

Die Gouverneurszeit von Tobizen fiel mit dem Besuch des Großherzogs Nikolai, des zukünftigen Kaisers, in Tomsk zusammen. Tobizen organisierte alle Vorbereitungen für seine Ankunft, einschließlich des Baus eines Pavillons am Eingang zur Stadt. Zur Ankunft von Nikolai II. wurde das Gouverneursgebäude hastig fertiggestellt, das zu seiner vorübergehenden Unterkunft wurde. Das Projekt des Hauses wurde bei den Architekten W.W. Chabarow und P.P. Naranowitsch in Auftrag gegeben. Chabarow, der aus Petersburg kam, hatte bereits die Position des Provinzarchitekten inne, während Naranowitsch an Projekten für die Sibirische Universität arbeitete.

Trotz der Arbeit von zwei bekannten Architekten zog sich der Bau in die Länge, aber die Ankunft des Zarewitsch beschleunigte den Prozess. Es wurden zusätzliche Mittel bereitgestellt, um das Haus für den hohen Gast vorzubereiten. Zur Ankunft von Nikolai II. waren alle zwanzig Zimmer ausgestattet und möbliert. Der Zarewitsch kam am 5. Juli 1891 in Tomsk an, verbrachte zwei Tage in der Stadt, traf sich mit Geistlichen und Beamten und verließ sie dann wieder.

Während der Großen Oktoberrevolution wurde das Gouverneursgebäude zum Haus der Freiheit, in dem revolutionäre Organisationen untergebracht waren. Hier fanden Versammlungen der bolschewistischen Fraktion und der Studenten statt, und der Rat der Arbeiter- und Soldatendeputierten hatte hier seinen Sitz. Das Haus wurde zum Hauptquartier der Roten Garde, und die Weißen versuchten vergeblich, es zu erobern. In dem Gebäude befand sich auch die Redaktion der Zeitung „Rote Fahne“.

Nach dem Aufstand gegen Koltschak im Dezember 1919 wurde eine rote Fahne auf dem Gebäude gehisst, und es wurde zum Standort des Militär-Revolutionären Rates. In den 1920er Jahren wurde das Haus Wissenschaftlern übergeben. Während des Zweiten Weltkriegs war hier das Hauptquartier für die Mobilisierung von Wissenschaft und Technik.

Das Tomsker Haus der Wissenschaftler wurde das dritte in Russland nach Moskau und Petrograd. Sein Gründer und erster Direktor war Nikolai Sigismundowitsch Poizner, der von der Schauspielerin Olga Pawlowna Bojarskaja unterstützt wurde. Seit 1995 ist das Haus der Wissenschaftler Teil der Tomsker Staatlichen Universität für Systemmanagement und Radioelektronik (TUSUR). In den Jahren 2005 und 2006 wurde das Gebäude mit Unterstützung der Verwaltung der Region Tomsk und von TUSUR umfassend renoviert.