Первая деревянная церковь, посвященная Равноапостольным Женам Мироносицам, была возведена в 1566 году. Каменный пятиглавый храм построили с 1714 по 1722 год на средства прихожанина, купца Петра Родионова Худякова, что подтверждается церковной описью 1764 года. Храм был освящён 12 июля 1724 года. Согласно описанию Сретенского собора А. Поповым, опубликованному в «Вологодских епархиальных ведомостях» 1875 года, строительство каменного храма началось в 1710 году. Он упоминает, что на западной стене церкви Жен Мироносиц есть надпись: "Начаток здания сея церкви 1710 году".

В трапезном иконостасе находились иконы: Вседержителя с Иоанном Предтечей, святого Николая Чудотворца, Божией Матери на престоле с ангелом-хранителем и 46 печорскими угодниками, а также святого мученика Харлампия.

Среди церковной утвари выделяется наперсный крест с 12 частицами мощей святых, включая апостола Андрея Первозванного, архидиакона Стефана, Василия Великого, Иоанна Милостивого, великомученика Феодора Стратилата, мученика Пантелеймона и других. Внутри креста на кипарисе, где размещены мощи, указаны их названия, и сохранилась надпись: "лета 7193 в сей святый крест положены сии святыя мощи в царствующем граде Москве, Благовещенского собора, что у ветхих врат на сенях, Иереем Иоанном, во славу святыя Троицы и Пречистыя Богородицы". На обратной стороне креста написано: "лета 7193 сей святай крест Господень состроен тщанием гостя Семена Хрисанфова сына Шиловцова, жены его Марфы Терентьевы дщери, в град Великий Устюг, на посад в церковь Владимирской Богородицы и святых жен Мироносиц".

Храм во имя Жен Мироносиц был закрыт в феврале 1930 года. В настоящее время в его стенах располагается «Музей новогодней игрушки», который является филиалом Великоустюжского музея-заповедника.