Церковь была построена в 1785 и 1796 годах на средства архангельского купца Лобанова, а освящение храма Захарии и Елизаветы произошло в 1822 году. В 1855 и 1859 годах церковь расширили, добавив галереи с двумя приделами. После пожара 1869 года здание восстановили в прежнем виде в 1875 году.

Сохранилась восточная часть нижнего яруса кирпичного здания с проездными воротами. Второй ярус занимала небольшая двухглавая бесстолпная церковь типа «малый восьмерик на четверике».

Световой барабан с главкой на восьмигранной шее опирался на свод с парусами в углах. Фасады четверика завершались трехлопастными полуглавиями, а ложные фигурные люкарны на гранях купола повторяли их форму. Уличный фасад украшали декоративные элементы: наличники сложной формы вокруг окон и фигурные филенки на лопатках. Арка ворот была обрамлена двумя крупными завитками с узором между ними.

Церковь расположена над восточным въездом на территорию комплекса, завершая перспективу улицы Фефелова. Частично сохранился нижний ярус, проездная арка и часть восточного фасада с декором, включая волюты и обрамления окон. На основе фотоматериалов из фондов Енисейского музея были созданы эскизы реконструкции восточного фасада в его первоначальном виде и с галереями, добавленными в середине XIX века.

В нижних ярусах и симметричных палатках находились две кельи, монастырский архив, правление и библиотека. Входы в эти помещения были из проезда, а в церковь вела деревянная лестница с западной стороны. Четверик главного объема был перекрыт высоким барабаном с восемью узкими окнами. Ребра барабана и шейки главок храма и алтаря выделялись вертикальными волютами.

В XIX веке на гранях свода появились фигурные люкарны. Алтарь был трехгранным, а восточная грань продолжала плоскость фасадов нижнего объема. Перекрытия палаток были балочными, фундамент бутовым, а кирпичные стены снаружи не штукатурились, а белились по тонкой обмазке.