L'église a été construite entre 1785 et 1796 grâce aux fonds du marchand de l'Arkhangelsk, Lobanov, et la consécration du temple de Zacharie et Élisabeth a eu lieu en 1822. En 1855 et 1859, l'église a été agrandie en ajoutant des galeries avec deux chapelles. Après l'incendie de 1869, le bâtiment a été restauré dans son état d'origine en 1875.

La partie est du niveau inférieur du bâtiment en brique avec des portes de passage a été conservée. Le deuxième niveau abritait une petite église à deux coupoles sans colonnes de type « petit octogone sur carré ».

Le tambour lumineux avec la coupole sur un col octogonal reposait sur une voûte avec des pendentifs dans les coins. Les façades du carré se terminaient par des demi-coupoles à trois lobes, et les fausses lucarnes figurées sur les arêtes de la coupole en reproduisaient la forme. La façade de rue était ornée d'éléments décoratifs : des encadrements de formes complexes autour des fenêtres et des panneaux figurés sur les pignons. L'arc de la porte était encadré par deux grands volutes avec un motif entre eux.

L'église est située au-dessus de l'entrée est du complexe, complétant la perspective de la rue Feferova. La partie inférieure, l'arc de passage et une partie de la façade est avec décor, y compris des volutes et des encadrements de fenêtres, ont partiellement été conservés. Sur la base de documents photographiques des fonds du musée de Yeniseysk, des esquisses de reconstruction de la façade est dans son état d'origine et avec les galeries ajoutées au milieu du XIXe siècle ont été créées.

Dans les niveaux inférieurs et les chapelles symétriques se trouvaient deux cellules, les archives du monastère, l'administration et la bibliothèque. Les entrées de ces pièces étaient depuis le passage, et une échelle en bois menait à l'église depuis le côté ouest. Le carré du volume principal était couvert par un haut tambour avec huit fenêtres étroites. Les arêtes du tambour et les collets des coupoles de l'église et de l'autel se distinguaient par des volutes verticales.

Au XIXe siècle, des lucarnes figurées sont apparues sur les arêtes de la voûte. L'autel était à trois faces, et la face est continuait le plan des façades du volume inférieur. Les couvertures des chapelles étaient en poutres, le fondement en moellons, et les murs en brique à l'extérieur n'étaient pas crépis, mais blanchis avec un enduit fin.