Село Большое Микушкино было основано в 1756 году чувашами, переселившимися из различных уездов Поволжья. Его население состояло из государственных крестьян.

В XIX веке село входило в состав Бугурусланского уезда, сначала Оренбургской, а затем Самарской губернии. Со второй половины XIX века здесь начали селиться и русские.

В середине XVIII века в селе был открыт православный храм, который вскоре сгорел. В 1871 году в Большом Микушкино построили церковь во имя Святой Троицы на месте утраченного храма.

В 1920-х годах XX века Троицкую церковь закрыли, и дальнейшая судьба здания неизвестна.

19 июня 2008 года в селе был вновь зарегистрирован приход в честь Святой Троицы. Новый деревянный храм был построен в 2009-2012 годах на средства уроженца Исаклинского района Моисеева А.И. На мемориальном камне на территории церкви указано, что она возведена в память о жертвах репрессий 1930-1940-х годов и участниках Великой Отечественной войны, погибших в 1941-1945 годах. Колокола для храма были изготовлены и установлены на пожертвования прихожан.