Le village de Bolchoï Mikouchkino a été fondé en 1756 par des Tchouvaches, venus de divers districts de la Volga. Sa population était composée de paysans d'État.

Au XIXe siècle, le village faisait partie du district de Bougourslan, d'abord dans le gouvernement d'Orenbourg, puis dans celui de Samara. À partir de la seconde moitié du XIXe siècle, des Russes ont également commencé à s'y installer.

Au milieu du XVIIIe siècle, une église orthodoxe a été ouverte dans le village, qui a rapidement brûlé. En 1871, une église au nom de la Sainte Trinité a été construite à Bolchoï Mikouchkino à l'emplacement de l'église perdue.

Dans les années 1920, l'église de la Trinité a été fermée, et le sort ultérieur du bâtiment est inconnu.

Le 19 juin 2008, une nouvelle paroisse en l'honneur de la Sainte Trinité a été enregistrée dans le village. Une nouvelle église en bois a été construite entre 2009 et 2012 grâce aux fonds d'un natif du district d'Isaklino, Moïseïev A.I. Sur la pierre commémorative sur le territoire de l'église, il est indiqué qu'elle a été érigée en mémoire des victimes des répressions des années 1930-1940 et des participants à la Grande Guerre patriotique, tombés entre 1941 et 1945. Les cloches de l'église ont été fabriquées et installées grâce aux dons des paroissiens.