Церковь Святителя Николая Чудотворца в Софии, это русский православный храм, который является подворьем Русской православной церкви. С 1907 по 1934 год он служил русской посольской церковью.

После окончания Русско-турецкой войны 1877, 1878 годов в Софии сформировалась значительная русская община, состоявшая в основном из экспертов. Тогда возникла идея построить для неё отдельный храм.

В 1882 году городские власти выделили участок площадью 1400 квадратных метров на месте разрушенной рыночной мечети. Комитет, созданный для строительства храма, начал собирать пожертвования. Закладка храма планировалась на 1902 год, но по разным, в основном политическим причинам, была отложена.

В это время русская община молилась в зале дипломатического агентства.

Современная церковь была заложена 2 (15) сентября 1907 года в присутствии великого князя Владимира Александровича и болгарского князя Фердинанда с наследником Борисом.

Проект разработал Михаил Тимофеевич Преображенский. К 1911 году здание было вчерне готово, но отделочные работы продолжались более двух лет.

Храм освятили 11 (24) ноября 1914 года. Церемонию возглавил митрополит Доростольский и Червенский Василий (Михайлов) по просьбе Болгарского экзарха Иосифа (Йовчева), тогда находившегося в схизме, в сослужении с российским духовенством, что нарушало прежнюю политику российского Синода.

Когда в октябре 1915 года Болгария вступила в Первую мировую войну на стороне Центральных держав, дипломатические отношения с Россией были прерваны, и русское духовенство эвакуировалось, богослужения прекратились.

С 2 января 1920 года до начала 1923 года в Софии работала русская дипломатическая миссия генерала Антона Деникина под руководством Александра Петряева, защищавшая интересы русских беженцев и церкви. После её закрытия имущество было опечатано комиссией Министерства иностранных дел Болгарии.

Храм, находившийся под юрисдикцией Русской православной церкви за границей, продолжал действовать без имущества и архива до 1933 года. В преддверии установления дипломатических отношений с СССР, правительство Болгарии передало церковное имущество настоятелю русской церкви в Софии отцу Н. Владимировскому. После переговоров 15 сентября 1934 года церковь была передана болгарскому государству, а 18 декабря, Софийской митрополии Болгарской православной церкви.

После прихода к власти прокоммунистического правительства в Болгарии в июне 1946 года, СССР разрешил некоторым эмигрантам принять гражданство, что позволило передать храм для богослужений. 28 декабря 1946 года, после реставрации, храм был передан архиепископу Серафиму (Соболеву), управлявшему приходами Русской православной церкви в Болгарии. Он был похоронен в крипте храма в 1950 году.

С ноября 1952 года храм имеет статус подворья Московской Патриархии в Софии.

В 1975 и 1977 годах были проведены работы по реставрации росписей, а в 1982 году иконостас был заново позолочен. Новый ремонт был осуществлён в 1994 и 1996 годах.