Церковь Стефания, возведенная в 1716 году на месте деревянной постройки 1655 года, завершила архитектурный ансамбль Благовещенского и Троицкого монастырей. Она расположена на южной стороне Благовещенского монастыря и до установления границ по плану 1788 года выходила на улицы Успенскую и Цветновскую. Если смотреть на монастырь с юга, то церковь Стефания и колокольня симметрично расположены относительно Благовещенской церкви.

Архитектура церкви Стефания отличается скромностью и небольшими размерами. Современный вид она приобрела после перестройки в 1836-1839 годах, когда с западной стороны была добавлена двухэтажная пристройка. Первый этаж представляет собой прямоугольник с двумя арками, одна из которых пологая. На востоке находится помещение, где размещалась монастырская библиотека. Арки украшены колонками и балясинами в виде пилястр, которые опираются на постаменты с глубокими нишами, обрамленными карнизом и цоколем.

Внутреннее пространство перекрыто сомкнутым сводом, а одноапсидный алтарь, куполом. Фасад церкви прост, стены разделены на две части тремя пилястрами, опирающимися на карниз из нескольких тяг. Венчающий карниз состоит из кирпичных зубчиков и простого профиля, над которым с каждой стороны установлены три кокошника с слегка приподнятыми наружными тягами.

На четырехскатной крыше укреплен цилиндрический глухой барабан, украшенный висячими колонками, соединенными арочками. Он по размерам и деталям близок к угловым барабанам Благовещенского собора.