Die Stephanuskirche, die 1716 anstelle eines hölzernen Gebäudes von 1655 errichtet wurde, vervollständigte das architektonische Ensemble der Blagoweschtschenski- und Dreifaltigkeitsklöster. Sie befindet sich auf der Südseite des Blagoweschtschenski-Klosters und grenzte bis zur Festlegung der Grenzen nach dem Plan von 1788 an die Uspenskaja- und Zvetnowskaja-Straßen. Wenn man das Kloster von Süden betrachtet, sind die Stephanuskirche und der Glockenturm symmetrisch zur Blagoweschtschenski-Kirche angeordnet.

Die Architektur der Stephanuskirche zeichnet sich durch Schlichtheit und geringe Größe aus. Ihr modernes Aussehen erhielt sie nach dem Umbau in den Jahren 1836-1839, als an der Westseite ein zweigeschossiger Anbau hinzugefügt wurde. Das Erdgeschoss ist ein Rechteck mit zwei Bögen, von denen einer flach ist. Im Osten befindet sich der Raum, in dem die Klosterbibliothek untergebracht war. Die Bögen sind mit Säulen und Balustraden in Form von Pilastern geschmückt, die auf Sockeln mit tiefen Nischen ruhen, die von einem Gesims und einem Sockel umrahmt sind.

Der Innenraum ist mit einem gewölbten Gewölbe und einem einapsidalen Altar mit Kuppel überdeckt. Die Fassade der Kirche ist schlicht, die Wände sind durch drei Pilaster in zwei Teile gegliedert, die auf einem Gesims aus mehreren Trägern ruhen. Das abschließende Gesims besteht aus ziegelartigen Zähnen und einem einfachen Profil, über dem auf jeder Seite drei Kokoshniki mit leicht angehobenen äußeren Trägern angebracht sind.

Auf dem vierseitigen Dach ist eine zylindrische, blinde Trommel befestigt, die mit hängenden Säulen geschmückt ist, die durch Bögen verbunden sind. Sie ist in Größe und Details den Ecktrommeln der Blagoweschtschenski-Kathedrale ähnlich.