В 1634 году на месте нынешней церкви была основана Сретенская монашеская обитель. Холодная церковь Сретения Владимирской Богоматери была возведена в 1685 году стараниями ярославца Иоанна Аверкиева. Строительство связано с принесением в 1634 году из Ярославля чудотворного Владимирского образа Божией Матери. Царь Федор Алексеевич, посетивший Нерехту в 1678 году для поклонения образу, выделил значительные средства из казны на строительство. В 1685 году царь Петр Алексеевич распорядился выделить 250 рублей на завершение работ. После закрытия монастыря в 1764 году Владимирская церковь стала приходской.

Теплая придельная церковь была построена в 1833 году на средства неизвестных жертвователей. Церковь окружает каменная ограда. В ней три престола: в холодном храме в честь Владимирской иконы Божией Матери, в теплом южном в честь Сретения Господня, а в северном во имя архистратига Михаила. Особую ценность представляют два чудотворных образа Божией Матери Владимирской.

В 1930-е годы храм был закрыт, колокольня разрушена, а чудотворная икона исчезла. Ее удалось обнаружить в 1983 году. После реставрации икона находилась в музее, затем в Крестовоздвиженской и Преображенской церквах Нерехты. В 2004 году комплекс Владимирской церкви был передан Костромской епархии, и чудотворный образ Нерехтской иконы Божией Матери вернулся в храм.