En 1634, sur le site de l'église actuelle, a été fondé le monastère de la Rencontre. L'église froide de la Rencontre de la Mère de Dieu de Vladimir a été construite en 1685 grâce aux efforts de l'yaroslavien Ioann Averkiyev. La construction est liée à l'apport en 1634 de l'icône miraculeuse de la Mère de Dieu de Vladimir de Yaroslavl. Le tsar Fiodor Alexeïevitch, qui a visité Nerekhta en 1678 pour vénérer l'icône, a alloué des fonds considérables du trésor pour la construction. En 1685, le tsar Pierre Alexeïevitch a ordonné d'allouer 250 roubles pour achever les travaux. Après la fermeture du monastère en 1764, l'église de Vladimir est devenue paroissiale.

L'église annexe chaude a été construite en 1833 grâce à des donateurs inconnus. L'église est entourée d'une clôture en pierre. Elle compte trois autels : dans l'église froide en l'honneur de l'icône de la Mère de Dieu de Vladimir, dans le chaud au sud en l'honneur de la Rencontre du Seigneur, et au nord au nom de l'archange Michel. Deux icônes miraculeuses de la Mère de Dieu de Vladimir ont une valeur particulière.

Dans les années 1930, le temple a été fermé, le clocher détruit, et l'icône miraculeuse a disparu. Elle a été retrouvée en 1983. Après restauration, l'icône a été exposée au musée, puis dans les églises de la Croix et de la Transfiguration de Nerekhta. En 2004, le complexe de l'église de Vladimir a été transféré à l'évêché de Kostroma, et l'icône miraculeuse de Nerekhta de la Mère de Dieu est revenue dans le temple.