В шести километрах от Ялты, рядом с селением Никита, находится одна из известных достопримечательностей Крыма, Никитский ботанический сад, основанный в 1812 году.

На территории сада проживали учёные-садоводы, студенты и рабочие, но больницы и церкви не было, поэтому приходилось ездить в Ялту. В 1881 году директором сада стал Александр Иванович Базаров. Он обратился к властям с просьбой заменить проект одноэтажной больницы на двухэтажное здание, где разместились бы больница, церковь и квартира священника. В июле 1882 года было получено разрешение на строительство и составлена смета. Базаров поручил архитектору П.К. Теребеневу подготовить проект, учитывая пожелания: церковь должна вмещать до 200 человек, а алтарь должен быть отделяемым, чтобы помещение можно было использовать для собраний. Проект был завершён 18 февраля 1883 года.

Для строительства выбрали участок возле училища, но из-за особенностей грунта алтарь пришлось ориентировать на юго-восток, что нарушало каноны православного строительства.

Торжественная закладка состоялась 25 марта 1884 года, в день Благовещения. Строительство шло быстро, и к концу 1884 года основные работы были завершены. Однако из-за нехватки средств строительство продолжалось до середины 1886 года, а отделочные работы завершились к августу. 19 сентября 1885 года был установлен крест, а к концу года завершили росписи.

5 февраля 1887 года храм был освящён архимандритом Епифанием в честь Преображения Господня.

Здание представляло собой просторную однонефную базилику с вестибюлем, ведущим на второй этаж в церковь. На первом этаже разместили больницу, а квартиру священника пристроили к алтарной стене. Здание имело форму удлинённого креста. Над входом располагалась звонница с крестом, а на барабане, купол с крестом. Окна были украшены каменными наличниками, а между ними находились ниши с чугунными крестами.

Летом 1887 года на колокольню установили два колокола, отлитых в Москве.

После революции в 1921 году сад стал совхозом, а богослужения в храме продолжались до 1920 года. Прихожане создали религиозное общество и обратились к властям с просьбой передать им церковь. Они обязались содержать и ремонтировать храм, но священника уже не было, и его обязанности выполнял рабочий Иннокентий Черняков.

В конце 1920-х годов храм был закрыт, купол и звонница разрушены, кресты и колокола сняты. Здание использовали как склад, магазин, лабораторию и дом культуры. Внутренние росписи и иконы не сохранились, а зал с хорошей акустикой превратили в тёмное помещение.

В 1991 году жители Никиты организовали Свято-Преображенскую общину и арендовали здание для ремонта. К 19 августа 1992 года они привели в порядок зал первого этажа, и в этот день состоялось освящение здания.

7 апреля 1993 года освятили престол и провели первую литургию. Прихожане стремились восстановить иконостас, установили крест и звонницу. В 1995 году архиепископ Лазарь провёл Божественную литургию в день Преображения Господня.