À six kilomètres de Yalta, près du village de Nikita, se trouve l'une des attractions célèbres de la Crimée, le jardin botanique de Nikita, fondé en 1812.

Sur le territoire du jardin vivaient des scientifiques-jardiniers, des étudiants et des ouvriers, mais il n'y avait ni hôpital ni église, il fallait donc se rendre à Yalta. En 1881, Alexandre Ivanovitch Bazarov devint directeur du jardin. Il s'adressa aux autorités avec une demande de remplacer le projet d'un hôpital de plain-pied par un bâtiment de deux étages, où seraient installés l'hôpital, l'église et l'appartement du prêtre. En juillet 1882, l'autorisation de construire fut obtenue et le devis fut établi. Bazarov confia à l'architecte P.K. Terebenev la préparation du projet, en tenant compte des souhaits : l'église devait accueillir jusqu'à 200 personnes, et l'autel devait être séparé, afin que la salle puisse être utilisée pour des réunions. Le projet fut achevé le 18 février 1883.

Pour la construction, un terrain près de l'école fut choisi, mais en raison des caractéristiques du sol, l'autel dut être orienté au sud-est, ce qui violait les canons de la construction orthodoxe.

La pose solennelle de la première pierre eut lieu le 25 mars 1884, le jour de l'Annonciation. La construction progressa rapidement, et à la fin de 1884, les travaux principaux étaient terminés. Cependant, en raison d'un manque de fonds, la construction se poursuivit jusqu'à la mi-1886, et les travaux de finition furent achevés en août. Le 19 septembre 1885, une croix fut installée, et à la fin de l'année, les fresques furent terminées.

Le 5 février 1887, le temple fut consacré par l'archimandrite Epiphane en l'honneur de la Transfiguration du Seigneur.

Le bâtiment était une vaste basilique à nef unique avec un vestibule menant au deuxième étage de l'église. Au premier étage se trouvait l'hôpital, et l'appartement du prêtre était attenant au mur de l'autel. Le bâtiment avait la forme d'une croix allongée. Au-dessus de l'entrée se trouvait un clocher avec une croix, et sur le tambour, un dôme avec une croix. Les fenêtres étaient ornées de linteaux en pierre, et entre elles se trouvaient des niches avec des croix en fonte.

En été 1887, deux cloches, fondues à Moscou, furent installées dans le clocher.

Après la révolution de 1921, le jardin devint un sovkhoze, et les services religieux dans l'église continuèrent jusqu'en 1920. Les paroissiens créèrent une société religieuse et s'adressèrent aux autorités pour demander la restitution de l'église. Ils s'engagèrent à entretenir et à réparer le temple, mais il n'y avait déjà plus de prêtre, et ses fonctions étaient assurées par un ouvrier, Innocent Tchernyakov.

À la fin des années 1920, le temple fut fermé, le dôme et le clocher détruits, les croix et les cloches enlevées. Le bâtiment fut utilisé comme entrepôt, magasin, laboratoire et maison de culture. Les fresques intérieures et les icônes ne furent pas conservées, et la salle avec une bonne acoustique fut transformée en pièce sombre.

En 1991, les habitants de Nikita organisèrent la communauté de la Sainte Transfiguration et louèrent le bâtiment pour des réparations. D'ici le 19 août 1992, ils remirent en ordre la salle du premier étage, et ce jour-là, la consécration du bâtiment eut lieu.

Le 7 avril 1993, l'autel fut consacré et la première liturgie fut célébrée. Les paroissiens s'efforcèrent de restaurer l'iconostase, installèrent une croix et un clocher. En 1995, l'archevêque Lazare célébra la Divine Liturgie le jour de la Transfiguration du Seigneur.