A seis kilómetros de Yalta, cerca del asentamiento de Nikita, se encuentra una de las famosas atracciones de Crimea, el Jardín Botánico de Nikita, fundado en 1812.

En el territorio del jardín vivían científicos-jardineros, estudiantes y trabajadores, pero no había hospitales ni iglesias, por lo que había que viajar a Yalta. En 1881, Alexander Ivanovich Bazarov se convirtió en director del jardín. Se dirigió a las autoridades con la solicitud de reemplazar el proyecto de un hospital de una planta por un edificio de dos plantas, donde se ubicarían el hospital, la iglesia y el apartamento del sacerdote. En julio de 1882 se obtuvo el permiso para la construcción y se elaboró el presupuesto. Bazarov encargó al arquitecto P.K. Terebenev que preparara el proyecto, teniendo en cuenta los deseos: la iglesia debía albergar hasta 200 personas, y el altar debía ser separable, para que el espacio pudiera utilizarse para reuniones. El proyecto fue completado el 18 de febrero de 1883.

Para la construcción se eligió un terreno cerca de la escuela, pero debido a las características del suelo, el altar tuvo que orientarse hacia el sureste, lo que violaba los cánones de la construcción ortodoxa.

La solemne colocación de la primera piedra tuvo lugar el 25 de marzo de 1884, en el día de la Anunciación. La construcción avanzó rápidamente, y para finales de 1884 se habían completado los trabajos principales. Sin embargo, debido a la falta de fondos, la construcción continuó hasta mediados de 1886, y los trabajos de acabado se completaron en agosto. El 19 de septiembre de 1885 se instaló la cruz, y a finales de año se finalizaron las pinturas.

El 5 de febrero de 1887, el templo fue consagrado por el archimandrita Epifanio en honor a la Transfiguración del Señor.

El edificio era una amplia basílica de una nave con un vestíbulo que conducía al segundo piso de la iglesia. En la planta baja se ubicó el hospital, y el apartamento del sacerdote se adosó a la pared del altar. El edificio tenía forma de cruz alargada. Sobre la entrada había un campanario con una cruz, y en el tambor, una cúpula con una cruz. Las ventanas estaban decoradas con marcos de piedra, y entre ellas había nichos con cruces de hierro fundido.

En el verano de 1887, se instalaron dos campanas en el campanario, fundidas en Moscú.

Después de la revolución en 1921, el jardín se convirtió en un sovjós, y los servicios religiosos en el templo continuaron hasta 1920. Los feligreses formaron una sociedad religiosa y se dirigieron a las autoridades con la solicitud de que les entregaran la iglesia. Se comprometieron a mantener y reparar el templo, pero ya no había sacerdote, y sus funciones eran realizadas por un trabajador, Innokenty Chernyakov.

A finales de la década de 1920, el templo fue cerrado, la cúpula y el campanario fueron destruidos, y las cruces y campanas fueron retiradas. El edificio se utilizó como almacén, tienda, laboratorio y casa de cultura. Las pinturas interiores y los íconos no se conservaron, y la sala con buena acústica se convirtió en un espacio oscuro.

En 1991, los habitantes de Nikita organizaron la comunidad de San Transfiguración y alquilaron el edificio para su reparación. Para el 19 de agosto de 1992, pusieron en orden la sala del primer piso, y ese día se llevó a cabo la consagración del edificio.

El 7 de abril de 1993 se consagró el altar y se celebró la primera liturgia. Los feligreses se esforzaron por restaurar el iconostasio, instalaron una cruz y un campanario. En 1995, el arzobispo Lazar celebró la Divina Liturgia en el día de la Transfiguración del Señor.