В середине 80-х годов XVIII века деревянный Спасо-Преображенский храм, где в подклете покоились святые мощи преподобного Макария, сгорел. Свидетели утверждали, что над могилой старца произошло чудо: не осталось ни горящего дерева, ни углей, ни даже пепла, а место было покрыто необычной росой. В 1786 году на месте сгоревшего храма возвели новый деревянный храм в честь Преображения Господня. В конце второго десятилетия XIX века неподалеку построили каменную Спасо-Преображенскую церковь, один из приделов которой был посвящен преподобным Макарию Писемскому и Павлу Обнорскому. Освящение нового пятиглавого храма в классическом стиле с высокой трехъярусной колокольней состоялось в 1821 году.

После событий 1917 года многие храмы Костромской земли были разрушены, но история погоста на Письме сложилась удачно: его каменный храм никогда не закрывался, что связывают с молитвенным заступничеством преподобного Макария. В 1929 году в Буйском районе началась коллективизация, и церкви в старинных селах Писемского края закрывались одна за другой. Однако погост, находившийся вдали от населенных пунктов, в тридцатые годы остался нетронутым, хотя и пострадал: с его звонницы сбросили колокола, а каменную ограду с воротами разобрали. К началу сороковых годов это было единственное место в Костромской земле, где в действующем храме сохранялись мощи святого, доступные для поклонения.

В первые годы после войны паломничество к мощам продолжалось, но в 1951 году власти решили положить этому конец. В начале августа, перед престольным праздником Макариевой пустыни, Преображения Господня, уполномоченный Совета по делам Русской Православной Церкви по Костромской области М. Галкин распорядился закрыть доступ к мощам и храму. 8 августа рабочие, по указанию Галкина, наглухо заколотили входы в подклет и храм.

В конце 1993 года по инициативе епископа Костромского и Галичского Александра епархиальное собрание решило возродить монастырь. 26 февраля 1994 года Патриарх Московский и всея Руси Алексий II благословил возобновление Макариево-Писемского монастыря как женской обители. На колокольне Спасо-Преображенского храма установили шесть колоколов, собранных из разных мест или отлитых заново, и теперь их звон вновь разносится над святым местом подвига преподобного.