О зодчем, который строил Нередицу, письменные источники не сообщают. Однако, учитывая строительную ситуацию в Новгороде к концу XII века, можно сделать некоторые предположения. В последние два десятилетия XII века новгородские владыки активно занимались каменным строительством, вероятно, с постоянной группой мастеров. В 1196 году они завершили строительство церкви Воскресения. В то же время мастер Коров Яковлич, по заказу жителей Лубяной улицы, возводит церковь Кирилла. О других его постройках сведений нет. Однако в 1198 году, когда строится Нередица, артель владычных мастеров работает в Руссе, что позволяет предположить, что строительство Нередицы выполняет Коров Яковлич и его команда каменщиков.

История Спасо-Нередицкого монастыря не изобилует яркими событиями. У Нередицкого холма проходила дорога на Москву, но это не приносило монастырю значительных выгод. Во второй половине XVII века монастырь был приписан к Юрьеву монастырю, а после 1764 года его упразднили, превратив Спасскую церковь в приходскую. К концу XIX века от монастыря остался только Спасо-Преображенский храм с каменной пристройкой 1795 года и поздняя шатровая колокольня. Первоначальный облик храма изменился из-за надкладки верхних частей стен, устройства четырехскатной кровли и замены главы на луковичную, растески окон, настилки нового пола. Тем не менее, сохранность Нередицкого храма была относительно хорошей по сравнению с другими каменными постройками Новгорода конца XII, начала XIII века. В 1878 году великие князья, посетившие Новгород, провели археологические раскопки, расчистив каменный саркофаг у северной стены церкви. Сведения о храме и его архитектуре содержатся в труде архимандрита Макария.

Вопрос о реставрации храма постепенно назревал. В 1892 году началась переписка о ремонте здания между Новгородской духовной консисторией и Императорской Археологической Комиссией. В 1898 году В.В. Суслов провел архитектурно-археологическое обследование храма, составив смету и проектные чертежи для реставрации. Из средств Новгородского архиерейского дома было выделено 11000 рублей, и в 1903-1904 годах работы были проведены под руководством П.П. Покрышкина. Нередица преобразилась. Покрышкин сосредоточился на помощи несущим конструкциям здания, раскрытии его первоначальных форм и сохранении более поздних, если не было достаточных данных для восстановления древних форм. Он обновил фундамент, стены и барабан, восстановил древние проемы и заменил позднюю кровлю на первоначальное покрытие. Западная пристройка конца XVIII века была разобрана. Однако работа Покрышкина не была лишена недостатков: поздние напластования остались нетронутыми, обмазка стен цементом оказалась ошибочной, а остатки первоначального притвора были обнаружены только в 1986 году. В целом реставрация Нередицы была важным событием в истории храма и отечественной реставрации.

В 1904 году Нередица обрела свой подлинный облик. Новый вид памятника повлиял на понимание новгородского зодчества и его стиля. Строители храма создали особый тип церковной красоты, сочетающий византийские и южнорусские архитектурные элементы с чертами, присущими только новгородскому зодчеству. В Нередице нет показной красоты, ее образ несет простоту создателей. Красота достигается архитектурными приемами, линиями, плоскостями и объемами. Однако XX век принес храму испытания. В 1915 году началось строительство железной дороги, что нанесло памятнику моральный ущерб.

Самые тяжелые испытания пришлись на осень 1941 года. Фашистская артиллерия нанесла зданию и его фрескам непоправимый урон, превратив храм в руины. Архитектор-реставратор Л.М. Шуляк начала разборку щебня и раскопки в 1946 году, а в 1944 году студенты под руководством М.К. Каргера расчистили южную апсиду. Проект восстановления храма был разработан С.Н. Давыдовым, а руководил работами Г.М. Штендер. Восстановление Нередицы завершилось в 1958 году. Внутри храма пустая обмазка стен вызывает чувство утраты, сохранилось около 15% фресок. Реставраторы продолжают работать, собирая фрагменты штукатурки с росписью.

Восстановленная церковь, это прекрасно исполненная модель древнего здания, но ее появление было необходимым. Храм занимает ключевую позицию в новгородском ландшафте и стал символом города. Его исчезновение обеднило бы исторический и современный облик Новгорода. Реставрация Нередицы выполнена с убедительностью, присущей хорошо сохранившимся древним зданиям.