Церковь святой Софии, Премудрости Божией в Качи-Кальоне расположена в юго-восточной части пещерного города и была основана в VIII-IX веках. Помещение имеет овальную продолговатую форму: длина чуть более 5 метров, ширина около 2,5 метров, а высота не менее 2 метров. Хотя христианские церкви обычно ориентированы на восток, эта церковь обращена на юго-восток, что иногда бывает из-за особенностей рельефа.

Храм состоит из двух частей, так как его размеры ограничены. Притвор отсутствует. Наос, предназначенный для молящихся, невелик и вмещает не более 10 человек. В этой части, как и в греческих церквях раннего средневековья, вырублена скамья для молящихся. На южной стороне находится могила с гробницей. В стенах сделаны ниши для икон, и обнаружены остатки двух греческих надписей.

Апсида, главная алтарная часть, для такого небольшого храма достаточно просторна. В ней вырублен синтрон, скамья для священнослужителей. Стена имеет две ниши: для жертвенника и запрестольного образа. На стенах напротив солеи, узкого пространства у алтаря, видны подрубки для установки деревянного иконостаса.

Необычно для древних и средневековых церквей наличие двух входных дверей, но в этой церкви они есть: один вход ведет в наос, а другой, более поздний, в апсиду.

Рядом с храмом обнаружены несколько надгробий, что указывает на существование кладбища, что было обычным в те времена. Также рядом находится крупный обломок, предположительно бывшая усыпальница, которая позже была переоборудована в винодельческий комплекс.

Церковь св. Софии существовала до 1778 года, когда массовая эмиграция крымских христиан в Приазовье из-за исламского гнета привела к её запустению. В середине XIX века церковь была восстановлена помещиком Хвицким, которому императрица Екатерина II передала эти земли с условием их развития. Церковь стала домовой и была освящена в честь святой мученицы Анастасии Узорешительницы. После смерти Хвицкого в 1851 году церковь перешла Успенскому скиту, ныне Бахчисарайскому Свято-Успенскому монастырю, и стала частью киновии святой Анастасии, существовавшей до 20-30-х годов XX века.

В 1921 году советские власти закрыли Успенский монастырь. Монашеское общежитие просуществовало до 1932 года, когда началась коллективизация, и земли передали совхозу «Коммунар». Монахов сослали за пределы Крыма, и их дальнейшая судьба малоизвестна.

Сегодня Анастасиевская церковь частично действует. Благодаря возобновлению местного скита, в ней иногда проводятся богослужения в праздничные дни. Внутри она слегка обставлена необходимой церковной утварью. Вход в церковь закрыт решеткой, и попасть внутрь можно только во время редких богослужений.