Храм Сергия Радонежского в Иоанно-Предтеченском монастыре, второй храм, сохранившийся с эпохи Троице-Сергиева монастыря, посвящен преподобному Сергию Радонежскому.

В 1551 году рядом с Троицкой церковью был построен деревянный храм Сергия Радонежского. Он располагался в центре монастыря, между Троицкой церковью у ворот и крепостной стеной. Храм был возведен одновременно с собором Рождества Богородицы и освящен 17 июня 1551 года протопопом Афанасием Антоновым. В 1604 году, при Борисе Годунове, на месте деревянной церкви псковские мастера построили двухэтажную белокаменную церковь из известняковых блоков. Это простой кубовидный храм с небольшой главкой. Он был переименован в Церковь Преподобного Сергия Радонежского Чудотворца и вновь освящен 25 сентября 1604 года, что подтверждает надпись на стене храма.

Храм Сергия Радонежского, последний храм на Руси, построенный до Смутного времени. Борис Годунов, упомянутый в надписи, умер при загадочных обстоятельствах через полгода. Началась эпоха самозванцев, и только через 8 лет Сергий Радонежский, явившись во сне Кузьме Минину, призвал собрать ополчение. Окрестности Свияжска сильно пострадали в Смутное время, и неизвестно, удалось бы завершить строительство церкви, если бы не успели до осени 1604 года.

Храм представляет собой образец архитектуры русских столпообразных храмов XVI и начала XVII века. Он построен из белого тесаного камня. Церковь расположена на втором этаже трапезной монастыря. Нижний этаж использовался как склад, а ранее там жили монахи. Сохранились фрески на западной стене, изображающие ветхозаветную Троицу, Сергия и Никона. Внутри храм тесен из-за толстых стен. В нем три престола, каждый с отдельным приделом. Первоначально было два престола, но в 1796 году добавили третий в честь святого пророка Иоанна Предтечи.

Здесь находилась главная святыня Свияжска, древняя икона Сергия Радонежского, покровителя города. По преданию, икона была привезена из Троице-Сергиевой Лавры в 1551 году, перед строительством города. Под ее защитой возводился новый христианский город, и перед ней молились русские войска, покорившие Казань. Сейчас она хранится в Казани в церкви Ярославских чудотворцев.

Храм Сергия Радонежского выделяется своим одноярусным иконостасом в древнерусском стиле. Зимой здесь находится рака с мощами святителя Германа. Архитектура храма проста: внешние стены почти без украшений, с глубокими оконными нишами. Самая высокая часть, юго-восточная, с зеленым куполом. В северо-западном углу расположена небольшая колокольня. У храма нет внешнего алтарного выступа, вместо апсид, прямая стена. Алтарь размещен под куполом. В средней части храма находится братская трапезная с колонной посреди зала, как в московской Грановитой палате или Никольской трапезной церкви Успенского монастыря.