El templo de San Sergio de Radonezh en el monasterio de San Juan Bautista, el segundo templo que se ha conservado desde la época del monasterio de la Trinidad de Sergio, está dedicado al venerable Sergio de Radonezh.

En 1551, junto a la iglesia de la Trinidad, se construyó un templo de madera de San Sergio de Radonezh. Estaba ubicado en el centro del monasterio, entre la iglesia de la Trinidad en la entrada y la muralla. El templo fue erigido al mismo tiempo que la catedral de la Natividad de la Virgen y fue consagrado el 17 de junio de 1551 por el protobispo Afanasio Antonov. En 1604, bajo Boris Godunov, en el lugar de la iglesia de madera, maestros de Pskov construyeron una iglesia de dos pisos de piedra blanca hecha de bloques de caliza. Este es un templo cúbico simple con una pequeña cúpula. Fue renombrado como la Iglesia del Venerable Sergio de Radonezh, el Milagroso, y fue nuevamente consagrado el 25 de septiembre de 1604, como lo confirma la inscripción en la pared del templo.

El templo de San Sergio de Radonezh es la última iglesia en Rusia construida antes de la época de los tiempos turbulentos. Boris Godunov, mencionado en la inscripción, murió en circunstancias misteriosas seis meses después. Comenzó la época de los impostores, y solo ocho años después, Sergio de Radonezh, apareciendo en un sueño a Kuzma Minin, llamó a reunir a la milicia. Los alrededores de Sviyazhsk sufrieron mucho durante los tiempos turbulentos, y no se sabe si se habría completado la construcción de la iglesia si no se hubiera logrado antes del otoño de 1604.

El templo es un ejemplo de la arquitectura de las iglesias rusas de forma columnar del siglo XVI y principios del XVII. Está construido de piedra blanca labrada. La iglesia se encuentra en el segundo piso del comedor del monasterio. El piso inferior se utilizaba como almacén, y anteriormente allí vivían los monjes. Se han conservado frescos en la pared occidental que representan la Trinidad del Antiguo Testamento, a Sergio y a Nikon. El interior del templo es estrecho debido a las gruesas paredes. Tiene tres altares, cada uno con su propia capilla. Originalmente había dos altares, pero en 1796 se añadió un tercero en honor al profeta San Juan Bautista.

Aquí se encontraba la principal reliquia de Sviyazhsk, la antigua icono de San Sergio de Radonezh, el patrón de la ciudad. Según la tradición, la icono fue traída del Monasterio de la Trinidad de Sergio en 1551, antes de la construcción de la ciudad. Bajo su protección se erigió la nueva ciudad cristiana, y ante ella oraron las tropas rusas que conquistaron Kazán. Ahora se guarda en Kazán en la iglesia de los milagros de Yaroslav.

El templo de San Sergio de Radonezh se destaca por su iconostasio de un solo nivel en estilo antiguo ruso. En invierno, aquí se encuentra un relicario con las reliquias del santo Germán. La arquitectura del templo es simple: las paredes exteriores casi sin adornos, con profundas nichos de ventanas. La parte más alta, al sureste, tiene una cúpula verde. En la esquina noroeste se encuentra una pequeña campanario. El templo no tiene un saliente altar externo, en lugar de ábsides, hay una pared recta. El altar está ubicado bajo la cúpula. En la parte central del templo se encuentra el comedor de los hermanos con una columna en medio de la sala, como en la sala Granovita de Moscú o en la iglesia del comedor de San Nicolás del monasterio de la Asunción.