Церковь Серафима Саровского в дореволюционном Ростове-на-Дону является одним из возрожденных храмов, построенных во времена правления Николая II и разрушенных большевиками. История прихода началась после канонизации старца, когда осенью 1899 года настоятель Гниловского-Троицкого храма обратился к Архиепископу Донскому и Новочеркасскому Афанасию с просьбой разрешить строительство нового храма. Разрешение было получено, и вскоре был создан попечительский комитет во главе с казаком Григорием Петровым. На сбор средств, составление проекта и подготовительные работы ушло несколько лет, и в июле 1903 года было определено место строительства.

Жители станицы Гниловской одними из первых в России начали возводить храм во имя преподобного Серафима Саровского, одного из самых почитаемых православных святых. Первый камень был заложен в 1904 году, а в 1911 году строительство благодаря пожертвованиям прихожан было завершено. 4 декабря 1911 года благочинный Аксайского округа протоиерей Александр Григорьев освятил новый храм.

С приходом советской власти храм подвергся гонениям: в 1922 году его разграбили, а реликвии продали заграницу. Церковь закрыли в 1937 году, а духовенство и прихожане подверглись репрессиям. В 1942 году, после прихода немецких и казачьих войск, храм вновь открылся и действовал до 1956 года, после чего снова был отобран советской властью. В 1959-1960 годах здание перестроили под музыкальную школу имени Глинки, которая находилась там до распада СССР и начала возрождения казачества на Дону.

Осенью 1992 года православные ростовчане и «Союз казаков станицы Гниловской» начали возвращение зданий, принадлежавших церкви Серафима Саровского. С января 1995 года работы по возрождению церкви взял под покровительство епископ Ростовский и Новочеркасский Пантелеимон. 14 сентября 2004 года Владыка Пантелеимон освятил заново отстроенный храм. Благодаря усилиям настоятеля, клира, попечительского совета и прихожан были завершены работы по восстановлению внутреннего убранства, и в храме вновь проходят службы.