Церковь была возведена в 1794 году. До её закрытия в середине 1950-х годов приход включал в себя 9 населённых пунктов: село Пречистое и деревни Покров, Заозерье, Яковково, Буково, Старово, Кильгино, Любильцево и Итларь. Изменения границ Ростовского района добавили к приходу ещё две деревни, ранее входившие в Переславский район: Остеево и Конюково. В 100 метрах от храма в селе Пречистое расположено старое кладбище. Согласно местному преданию, упомянутому А.А. Титовым в книге «Ростовский уезд Ярославской губернии», на этом месте стояли две деревянные церкви, уничтоженные пожаром. Третья деревянная церковь, разобранная в 1794 году, предположительно находилась на месте нынешнего каменного храма. Новое кладбище расположено в 500 метрах от церкви.

В 1962 году в селе Пречистом киностудия имени Горького снимала атеистическую комедию «Конец света», после чего началось разграбление и разрушение храма.

На живописном берегу реки Нерли храм конца XVIII века постепенно разрушался. Усилиями неравнодушных людей этот процесс был приостановлен, и в октябре 2011 года Митрополит Ярославский и Ростовский Пантелеимон назначил в храм настоятеля. Впереди предстоит много работы: регистрация общины, обустройство части храма для богослужений, многочисленные строительные работы и возрождение приходской жизни.