В окладных книгах Рязанской епархии за 1676 год упоминается церковь в селе Клин, посвященная Рождеству Пресвятой Богородицы. При церкви были дворы священников Иакова и Павла, а также пономарей и просвирни. В приходе числились 5 помещичьих дворов, из которых в одном проживал дворник, 63 крестьянских двора и один бобыльский. В приселке Курмыш находилось 24 крестьянских двора и 2 бобыльских. В деревне Онферова был двор приказчиков, 18 крестьянских дворов и 4 бобыльских. В деревне Фофанова насчитывалось 13 крестьянских дворов. Церковная земля, полученная из боярских дач, составляла 10 четвертей, а сенные покосы занимали площадь на 20 копен.

Неизвестно, была ли церковь деревянной или каменной, так как архивные документы о строительстве каменного храма не сохранились. В 1812 году епископ Владимирский Ксенофонт выдал грамоту на освящение церкви, но из нее неясно, была ли церковь построена заново или просто капитально отремонтирована. По местным преданиям, в это время была проведена внутренняя переделка храма и построена новая каменная колокольня. Это подтверждается тем, что антиминс в Ионно-Богословском приделе, который является более поздней пристройкой, использовался в 1800 году. Вероятно, каменная церковь в селе Клин была построена в XVIII веке. В 1815 году в церкви был обустроен придел в честь Божией Матери Всех Скорбящих Радости.

В 1864 году в стенах храма появились трещины, что потребовало капитального ремонта и обшивки железом. Колокольня при храме оставалась крепкой, но имела небольшой наклон. В храме три престола: главный, посвященный Рождеству Пресвятой Богородицы, в холодном приделе в честь Евангелиста Иоанна Богослова и в теплом приделе во имя Богоматери Всех Скорбящих Радости.

Церковь была хорошо обеспечена утварью, ризницей, святыми иконами и богослужебными книгами. Среди древних предметов сохранилось напрестольное Евангелие 1681 года, обложенное бархатом и украшенное серебром и позолотой. На его страницах есть надпись: «Сие св. Евангелие приложил Стефан Григорьев сын Чиркова по сестре своей Вассе и по Федоре и по Симеоне, а построено из ея пожитков в Муромский уезд в старинную нашу вотчину в село Клин к церкви Рождества Пресвятой Богородицы лета 1687 года».

В конце 1930-х годов церковь была закрыта. В XXI веке здание церкви во имя Рождества Пресвятой Богородицы подвергается капитальному ремонту благодаря помощи благотворителей.