Наши предки называли долом низкий берег, который затапливался во время разлива реки. Именно в такой низине на берегу Вологды стоит Богородский храм. Его называют "Нижний", потому что выше по течению находился Верхний Дол, где также была церковь Рождества Богородицы. Историки относят строительство деревянного храма на Нижнем долу к концу XVI, началу XVII века. Позже, благодаря усилиям прихожан, была построена каменная церковь, и её главный престол, посвященный Рождеству Пресвятой Богородицы, освятили в 1779 году. В храме также были престолы в честь Святителя Николая Чудотворца и преподобного Григория Пельшемского, Вологодского чудотворца.

В советское время Верхнедольский храм был разрушен, а Нижнедольский сохранили, хотя и планировали уничтожить. Однако специалисты решили, что строить в затапливаемой низине нецелесообразно, но и терять крепкое здание рядом с рекой, которая тогда была важной транспортной артерией, тоже не стоит. В храме размещались зеркальное производство, база управления по транспортному освоению рек и ремонтно-механическая мастерская хлебопекарной промышленности. После того как последняя мастерская покинула храм, его признали объектом культурного наследия регионального значения. Краеведы считали, что здесь можно возобновить богослужения, но интереса к храму не проявляли. После пожара в 2008 году, когда церковь осталась без крыши, надежды на её восстановление почти исчезли.

Первый указ владыки Игнатия Депутатова о создании новых приходов в Вологде был издан 10 июня 2014 года, через четыре дня после его назначения Священным Синодом. Были образованы приходы семи храмов города, и Нижнедольский храм оказался в самом плачевном состоянии.