Nos ancêtres appelaient dol un rivage bas qui était inondé lors de la crue de la rivière. C'est dans une telle dépression sur les rives de la Vologda que se dresse le temple de la Vierge. On l'appelle "Nijni", car en amont se trouvait le "Verkhni Dol", où se trouvait également une église de la Nativité de la Vierge. Les historiens datent la construction de l'église en bois à la fin du XVIe, début du XVIIe siècle. Plus tard, grâce aux efforts des paroissiens, une église en pierre a été construite, et son autel principal, dédié à la Nativité de la Sainte Vierge, a été consacré en 1779. L'église avait également des autels en l'honneur de Saint Nicolas le Thaumaturge et du bienheureux Grégoire de Pelshemski, le thaumaturge de Vologda.

À l'époque soviétique, l'église de Verkhni Dol a été détruite, tandis que celle de Nijni Dol a été préservée, bien qu'il ait été prévu de la détruire. Cependant, les spécialistes ont décidé qu'il n'était pas judicieux de construire dans une dépression inondable, mais qu'il ne fallait pas non plus perdre un bâtiment solide près de la rivière, qui était alors une artère de transport importante. L'église abritait une production de miroirs, une base de gestion pour l'exploitation des rivières et un atelier de réparation-mécanique pour l'industrie de la boulangerie. Après le départ du dernier atelier, l'église a été reconnue comme un objet du patrimoine culturel d'importance régionale. Les historiens locaux pensaient qu'il était possible de reprendre les services religieux ici, mais il n'y avait pas d'intérêt pour l'église. Après l'incendie de 2008, lorsque l'église est restée sans toit, les espoirs de sa restauration ont presque disparu.

Le premier décret de l'évêque Ignat Doupatov sur la création de nouvelles paroisses à Vologda a été émis le 10 juin 2014, quatre jours après sa nomination par le Saint-Synode. Sept paroisses ont été formées dans la ville, et l'église de Nijni Dol se trouvait dans un état des plus lamentables.