Nuestros antepasados llamaban "dolo" a la orilla baja que se inundaba durante las crecidas del río. Precisamente en esta hondonada, a orillas del Vologda, se encuentra el templo de la Virgen. Se le llama "Bajo", porque más arriba en el río estaba el Alto Dolo, donde también había una iglesia dedicada a la Natividad de la Virgen. Los historiadores datan la construcción de la iglesia de madera en el Bajo Dolo a finales del siglo XVI y principios del XVII. Más tarde, gracias a los esfuerzos de los feligreses, se construyó una iglesia de piedra, y su altar principal, dedicado a la Natividad de la Santísima Virgen María, fue consagrado en 1779. En la iglesia también había altares en honor a San Nicolás el Milagroso y al venerable Gregorio de Pelsh, el milagroso de Vologda.

Durante la época soviética, la iglesia del Alto Dolo fue destruida, mientras que la del Bajo Dolo se conservó, aunque se planeaba destruirla. Sin embargo, los especialistas decidieron que no era conveniente construir en una hondonada inundable, pero tampoco era sensato perder un edificio sólido cerca del río, que en ese entonces era una importante arteria de transporte. En la iglesia se ubicaron una fábrica de espejos, una base de gestión para la explotación de ríos y un taller de reparación mecánica de la industria panadera. Después de que el último taller abandonara la iglesia, fue reconocida como un objeto de patrimonio cultural de importancia regional. Los historiadores locales creían que se podían reanudar los servicios religiosos aquí, pero no se mostró interés por la iglesia. Después del incendio en 2008, cuando la iglesia quedó sin techo, las esperanzas de su restauración casi desaparecieron.

El primer decreto del obispo Ignatius Deputatov sobre la creación de nuevas parroquias en Vologda fue emitido el 10 de junio de 2014, cuatro días después de su nombramiento por el Santo Sínodo. Se formaron parroquias de siete iglesias de la ciudad, y la iglesia del Bajo Dolo se encontraba en el estado más lamentable.