В описи Суздаля за 1617 год упоминается: «церковь с трапезной клетцки Петра и Павла, построенная прихожанами, где служат поп Федор Лукин и дьякон Иван Федоров». Деревянные церкви стояли до 1719 года, когда пожар уничтожил их. Взамен в 1720 году возвели каменную церковь с престолом Святителя и Чудотворца Николая. В 1771 году построили теплую зимнюю каменную церковь с престолом Рождества Христова, заменившую прежнюю деревянную Петропавловскую церковь. В XIX веке к церкви добавили паперть.

Церковь, выполненная в трехчастной бесстолпной конструкции из кирпича, напоминает жилой дом. К прямоугольному основному объему примыкают пятигранная апсида, трапезная и притвор. Основной объем и трапезная покрыты двухскатной металлической крышей и украшены небольшой луковичной главкой на резном барабане. Стены храма, украшенные пилястрами, побелены и завершаются зубчатым фризом и карнизным поясом. Арочные оконные проемы обрамлены каменными наличниками, а притвор декорирован фронтоном с фреской Рождество Христово.

20 декабря 2000 года был зарегистрирован Приход Свято-Никольского храма в Суздале, входящий в состав Владимирской Епархии Русской Православной Церкви.