En la descripción de Suzdal de 1617 se menciona: «iglesia con refectorio de los santos Pedro y Pablo, construida por los feligreses, donde sirven el sacerdote Fedor Lukin y el diácono Ivan Fedorov». Las iglesias de madera permanecieron hasta 1719, cuando un incendio las destruyó. En su lugar, en 1720 se construyó una iglesia de piedra con el altar del Santo y Milagroso Nicolás. En 1771 se construyó una iglesia de piedra cálida para el invierno con el altar de la Natividad de Cristo, que reemplazó a la anterior iglesia de madera de San Pedro y San Pablo. En el siglo XIX se añadió un pórtico a la iglesia.

La iglesia, realizada en una construcción de ladrillo de tres partes sin columnas, recuerda a una casa residencial. Al volumen rectangular principal se adosan un ábside pentagonal, el refectorio y el vestíbulo. El volumen principal y el refectorio están cubiertos con un techo metálico a dos aguas y decorados con una pequeña cúpula bulbosa sobre un tambor tallado. Las paredes del templo, adornadas con pilastras, están encaladas y terminan con un friso dentado y un cinturón de cornisa. Los vanos de las ventanas en arco están enmarcados con dinteles de piedra, y el vestíbulo está decorado con un frontón que presenta un fresco de la Natividad de Cristo.

El 20 de diciembre de 2000 se registró la Parroquia de la iglesia de San Nicolás en Suzdal, que forma parte de la Diócesis de Vladimir de la Iglesia Ortodoxa Rusa.