Первые достоверные упоминания о Борисоглебском монастыре содержатся в Никоновской и Новгородской четвёртой летописях и относятся к первой половине XIV века. Во Владимирской летописи за 1346 год сказано: «Того же лета преставися князь Василей Ярославич Муромский, в черньцех и в скиме, положен бысть в Муроме, в церкви святую мученику Бориса и Глеба». Никоновская летопись добавляет: «в монастыре на Ушине, при митрополите Феогносте». Новгородская четвёртая летопись уточняет, что князь Василий Ярославич умер зимой 6853 года, то есть в конце 1345 года.

Долгое время монастырь оставался деревянным, и лишь в XVII веке на месте старых деревянных построек возвели новые каменные храмы: в честь Вознесения Господня с приделом страстотерпцев Бориса и Глеба и в честь Рождества Христова и Казанской иконы Пресвятой Богородицы. Точная дата их строительства неизвестна, но из надписи на сохранившемся антиминсе следует, что престол придела во имя страстотерпцев Бориса и Глеба был освящён в 1681 году. В окладных книгах Рязанской епархии за 1676 год, к которой тогда относился и Муромский уезд, в Борисоглебском монастыре упоминается церковь страстотерпцев Бориса и Глеба. «У той церкви двор попа Михайла, дьякона Зотика, дьячка Степана, в приходе 5 дворов служных, 59 крестьянских и 19 бобыльских; деревня Благовещенское, в ней 30 дворов крестьянских; деревня Пенцы, 6 дворов крестьянских и деревня Вареж, в ней 32 двора крестьянских и 7 бобыльских». Обитель была окружена каменной оградой.

В 1992 году храм Рождества Христова бывшего Борисоглебского монастыря был возвращён Русской Православной Церкви и стал подворьем Свято-Благовещенского мужского монастыря города Мурома. В 2013 году, по благословению епископа Муромского и Вязниковского Нила, храм Рождества Христова стал Архиерейским подворьем. Монастырская жизнь возобновилась, и богослужения стали регулярными. Сейчас на территории монастыря постоянно проходят богослужения в храме Рождества Христова на первом этаже. На втором этаже расположен храм в честь Казанской иконы Божией Матери. При подворье открыт паломнический центр «Евдокия», названный в честь дочери святых Петра и Февронии Муромских, рассчитанный на 80 человек. Здесь также работают трапезная, музей «Русского костюма и быта», библиотека, родник и купальня, монастырское хозяйство.