Церковь Рождества Богородицы является одним из самых маленьких храмов на новгородской земле, её размеры составляют 7,5 на 9,5 на 12 метров. Прямых упоминаний о строительстве каменной церкви на месте прежнего мольбища в летописях нет, однако её возведение датируется 30-ми годами XIII века. Предполагается, что она была построена в 1226 году, когда в Новгороде находился отец Александра Невского и проходили выборы архимандрита.

Первые обмеры и исследования Перынской церкви были проведены в 1947 и 1948 годах Р. А. Кацнельсоном, который обнаружил под слоем кирпича фрагменты фресок XIII века. В 1961 году архитектор Л. Е. Красноречьев составил окончательный проект реставрации, вернувший церкви её первоначальный вид. Реставрационные работы проводились в 1962 и 1965 годах, однако интерьер не был восстановлен.

В ходе реставрации были выявлены оригинальное трёхлопастное покрытие церкви и фрагменты фресок в притолоках окон барабана. Сужающиеся кверху стены, лопатки, окна и барабан придают зданию легкость и устремлённость ввысь. В церковь ведут три просторных входа, а стройные подкупольные столбы создают впечатление простора и высоты, несмотря на небольшие размеры храма. Основу здания составляет кладка домонгольского времени из известняка и тонкого кирпича, уложенных на известковом растворе с примесью кирпичной крошки.

Крест, венчающий церковь, имеет форму, характерную для домонгольского периода, известную как «крест накупольный с полумесяцем». Этот полумесяц, стилизованная виноградная лоза, не связан с мусульманской символикой, а имеет христианские толкования.

Храм Рождества Богородицы на Перыни, один из немногих сохранившихся архитектурных памятников XIII века в России. Фасады церкви, лишённые декора и лопаток, предвосхищают черты новгородского зодчества конца XIII, первой половины XIV века.

В настоящее время храм восстановлен в своём первоначальном виде. После реставрации интерьера Архиепископ Новгородский и Старорусский Лев освятил его 10 марта 2001 года. В 2004 году состоялся первый и пока единственный постриг в иноки.