L'église de la Nativité de la Vierge est l'un des plus petits temples de la terre novgorodienne, ses dimensions étant de 7,5 sur 9,5 sur 12 mètres. Il n'y a pas de mentions directes de la construction de l'église en pierre à l'emplacement de l'ancien lieu de prière dans les chroniques, cependant sa construction est datée des années 30 du XIIIe siècle. On suppose qu'elle a été construite en 1226, lorsque le père d'Alexandre Nevski se trouvait à Novgorod et que les élections de l'archimandrite avaient lieu.

Les premières mesures et études de l'église de Peryn ont été réalisées en 1947 et 1948 par R. A. Katznelson, qui a découvert sous la couche de briques des fragments de fresques du XIIIe siècle. En 1961, l'architecte L. E. Krasnorechiev a élaboré le projet final de restauration, restituant à l'église son apparence originale. Les travaux de restauration ont été réalisés en 1962 et 1965, mais l'intérieur n'a pas été restauré.

Au cours de la restauration, ont été révélés le revêtement original à trois pans de l'église et des fragments de fresques dans les impostes des fenêtres du tambour. Les murs se rétrécissant vers le haut, les pilastres, les fenêtres et le tambour donnent au bâtiment légèreté et élévation. L'église est accessible par trois entrées spacieuses, et les colonnes élancées sous la coupole créent une impression d'espace et de hauteur, malgré les petites dimensions du temple. La base du bâtiment est constituée d'une maçonnerie de l'époque pré-mongole en calcaire et en briques fines, posées sur un mortier de chaux mélangé à de la poussière de brique.

La croix surmontant l'église a une forme caractéristique de la période pré-mongole, connue sous le nom de « croix surmontée d'un croissant ». Ce croissant, une vigne stylisée, n'est pas lié à la symbolique musulmane, mais a des interprétations chrétiennes.

Le temple de la Nativité de la Vierge à Peryn est l'un des rares monuments architecturaux du XIIIe siècle en Russie. Les façades de l'église, dépourvues de décor et de pilastres, anticipent les traits de l'architecture novgorodienne de la fin du XIIIe et du début du XIVe siècle.

Actuellement, le temple a été restauré dans son apparence originale. Après la restauration de l'intérieur, l'archevêque de Novgorod et de Staraya Russa, Léon, l'a consacré le 10 mars 2001. En 2004, la première et jusqu'à présent unique tonsure en moine a eu lieu.