La Iglesia de la Natividad de la Virgen es uno de los templos más pequeños en la tierra de Novgorod, con dimensiones de 7,5 por 9,5 por 12 metros. No hay menciones directas sobre la construcción de la iglesia de piedra en el lugar del antiguo lugar de oración en las crónicas, sin embargo, su edificación se data en los años 30 del siglo XIII. Se supone que fue construida en 1226, cuando en Novgorod se encontraba el padre de Alejandro Nevski y se llevaban a cabo las elecciones del archimandrita.

Las primeras mediciones e investigaciones de la iglesia de Peryn se realizaron en 1947 y 1948 por R. A. Katznelson, quien descubrió bajo la capa de ladrillo fragmentos de frescos del siglo XIII. En 1961, el arquitecto L. E. Krasnorechyev elaboró el proyecto final de restauración, devolviendo a la iglesia su aspecto original. Los trabajos de restauración se llevaron a cabo en 1962 y 1965, sin embargo, el interior no fue restaurado.

Durante la restauración se revelaron el original techo de tres secciones de la iglesia y fragmentos de frescos en los dinteles de las ventanas del tambor. Las paredes que se estrechan hacia arriba, los contrafuertes, las ventanas y el tambor le dan al edificio ligereza y una aspiración hacia arriba. A la iglesia se accede por tres entradas amplias, y los esbeltos pilares bajo la cúpula crean una impresión de amplitud y altura, a pesar de las pequeñas dimensiones del templo. La base del edificio está compuesta por mampostería de la época pre-mongola de caliza y ladrillo fino, colocados en mortero de cal con una mezcla de escombros de ladrillo.

La cruz que corona la iglesia tiene una forma característica del período pre-mongol, conocida como "cruz sobre cúpula con media luna". Esta media luna, una vid estilizada, no está relacionada con la simbología musulmana, sino que tiene interpretaciones cristianas.

El templo de la Natividad de la Virgen en Peryn es uno de los pocos monumentos arquitectónicos del siglo XIII que se han conservado en Rusia. Las fachadas de la iglesia, desprovistas de decoración y contrafuertes, anticipan las características de la arquitectura novgorodiana de finales del siglo XIII y la primera mitad del siglo XIV.

En la actualidad, el templo ha sido restaurado en su forma original. Después de la restauración del interior, el Arzobispo de Novgorod y Staraya Russa, Lev, lo consagró el 10 de marzo de 2001. En 2004 tuvo lugar la primera y hasta ahora única tonsura de monje.