В Исаковом монастыре находится одна каменная и прочная церковь. Ее передняя часть холодная и имеет один престол, освященный в честь Рождества Пресвятой Богородицы в 1758 году. Праздник этого храма отмечается 8 сентября. Задняя часть церкви теплая и включает два престола: один в честь Рождества святого Иоанна Предтечи, другой, святого Николая Чудотворца. Эти престолы празднуются 24 июня, 9 мая и 6 декабря соответственно. Также 25 ноября отмечается день явления чудотворной Исаковской иконы Рождества Пресвятой Богородицы. Главной святыней монастыря является эта икона, названная Исаковской в честь места своего явления у села Исакова в 1659 году.