Село Милино когда-то принадлежало князю Дмитрию Пожарскому, который освободил Русь от литовско-польских захватчиков. Он начал строительство церкви при жизни, но завершили его уже после его смерти. Изначально церковь была двухпрестольной, с придельным престолом в честь Архангела Михаила, изображенного на знамени ополчения князя Пожарского, с которым он освобождал Москву в 1612 году.

После того как Никоновский церковный собор в 1653 году запретил строительство шатровых церквей, стремление возводить высокие и необычные сооружения, которые выделялись бы среди обычной застройки и служили бы памятником своего времени, воплотилось в создании ярусных церквей. Их начали массово строить с конца XVII века, и многие из этих красивых кирпичных и каменных памятников сохранились в подмосковных селах.

Церковь в Милине, построенная спустя сто лет после этого, демонстрирует устойчивость древних традиций, хотя в столицах уже господствовал классицизм. Храм в Милине был сооружен из двух восьмериков на четверике с двумя невысокими прирубами, алтарем и трапезной, образующими единое целое. В середине XIX века, стремясь придать большей значимости скромной сельской церкви, изменили композицию здания: расширили трапезную и добавили колокольню с западной стороны. Колокольня своим массивным и грубым силуэтом визуально подавила церковь, которая стала выглядеть как придаток к высокой четырехъярусной башне. Вероятно, в то же время, в соответствии с новыми вкусами церковных властей, здание обшили досками, добавили колонны, пилястры и карнизы в классическом стиле, а кровли покрыли железом. Эти изменения лишили деревянную церковь ее первоначальной теплоты и лиричности.