Le village de Milino appartenait autrefois au prince Dmitri Pozharsky, qui a libéré la Russie des envahisseurs lituano-polonais. Il a commencé la construction de l'église de son vivant, mais celle-ci a été achevée après sa mort. À l'origine, l'église était à deux autels, avec un autel latéral en l'honneur de l'archange Michel, représenté sur le drapeau de la milice du prince Pozharsky, avec lequel il a libéré Moscou en 1612.

Après que le concile de l'Église nikonienne a interdit la construction d'églises à bulbe en 1653, le désir de construire des structures hautes et inhabituelles, qui se démarqueraient parmi les constructions ordinaires et serviraient de monument à leur époque, s'est concrétisé par la création d'églises à étages. Celles-ci ont commencé à être massivement construites à la fin du XVIIe siècle, et beaucoup de ces beaux monuments en brique et en pierre ont été préservés dans les villages de la région de Moscou.

L'église de Milino, construite cent ans plus tard, démontre la résilience des anciennes traditions, bien que le classicisme dominait déjà dans les capitales. Le temple de Milino a été construit à partir de deux octogones sur un carré avec deux petites annexes, un autel et une salle de banquet, formant un tout. Au milieu du XIXe siècle, dans le but de donner plus d'importance à cette modeste église rurale, la composition du bâtiment a été modifiée : la salle de banquet a été agrandie et un clocher a été ajouté du côté ouest. Le clocher, avec sa silhouette massive et grossière, a visuellement écrasé l'église, qui est devenue un appendice à la haute tour à quatre étages. Probablement à la même époque, conformément aux nouveaux goûts des autorités ecclésiastiques, le bâtiment a été recouvert de planches, des colonnes, des pilastres et des corniches de style classique ont été ajoutés, et les toits ont été recouverts de fer. Ces changements ont privé l'église en bois de sa chaleur et de sa lyrisme originels.