Тобольский благочинный иерей Петр Фелицын 1 апреля 1808 года уведомил духовенство Самарово о необходимости собрать с жителей подписку на строительство новой каменной церкви. В указе говорилось, что старая деревянная Покровская церковь в Самарово обветшала и требует ремонта, а строительство новых деревянных церквей запрещено. Поэтому было решено заранее построить каменную церковь, собрав на это до двух тысяч рублей.

В то время в Самарово было 242 дома и проживало 721 мужчина и 725 женщин. Духовенство состояло из двух священников, дьячка и двух пономарей. Волостной голова Борис Губин 1 июля 1808 года собрал собрание, на котором 115 крестьян и ясашных остяков согласились на строительство и собрали 1584 рубля 30 копеек. К ноябрю сумма увеличилась до 1955 рублей 25 копеек, и деньги были отправлены в Тобольск.

Архитектор Шаньгин из Тобольска предложил построить храм рядом с деревянной церковью, которая вскоре сгорела. Он настоял на глубоком фундаменте, объяснив, что для каменной церкви он необходим. Строительство церкви завершилось в 1815 году, но в 1843 году выяснилось, что иконостас не окрашен, и богослужения не проводятся.

К 1860 году село Самарово стало важной пристанью с каменной церковью. Однако в 1920-х годах церковь разрушили, а кирпич использовали для строительства фабрики. На месте церкви построили клуб, который позже стал спортзалом, а затем был снесен.

В 1994 году по инициативе архитектора Николая Гордеева были найдены фундаменты церкви. Восстановление храма поддержали местные власти, и проект выполнил архитектор из Новосибирска. В 1996 году начались работы по восстановлению церкви, и в 2004 году храм был освящен.

В 1999 году был освящен закладной камень для нового храмового комплекса. В 2000 году начались работы, и в 2001 году был положен первый кирпич. В 2002 году установили купола, а в 2003 году освятили колокола. В 2005 году впервые в строящемся храме провели молебен.