Le prêtre Piotr Felitsin, archiprêtre de Tobolsk, a informé le clergé de Samaro le 1er avril 1808 de la nécessité de recueillir des signatures des habitants pour la construction d'une nouvelle église en pierre. L'arrêté stipulait que l'ancienne église en bois de la Protection à Samaro était en ruine et nécessitait des réparations, et que la construction de nouvelles églises en bois était interdite. Il a donc été décidé de construire à l'avance une église en pierre, en collectant jusqu'à deux mille roubles.

À l'époque, Samaro comptait 242 maisons et 721 hommes et 725 femmes. Le clergé se composait de deux prêtres, d'un diacre et de deux sacristains. Le chef de la volost, Boris Gubin, a convoqué une réunion le 1er juillet 1808, au cours de laquelle 115 paysans et ostyaks ont accepté la construction et ont collecté 1584 roubles 30 kopecks. En novembre, le montant avait augmenté à 1955 roubles 25 kopecks, et l'argent a été envoyé à Tobolsk.

L'architecte Shanygin de Tobolsk a proposé de construire le temple à côté de l'église en bois, qui a bientôt brûlé. Il a insisté sur un fondement profond, expliquant qu'il était nécessaire pour l'église en pierre. La construction de l'église s'est achevée en 1815, mais en 1843, il a été constaté que l'iconostase n'était pas peinte et que les services religieux n'étaient pas célébrés.

En 1860, le village de Samaro était devenu un important port avec une église en pierre. Cependant, dans les années 1920, l'église a été détruite et les briques ont été utilisées pour construire une usine. À la place de l'église, un club a été construit, qui est devenu plus tard une salle de sport, puis a été démoli.

En 1994, à l'initiative de l'architecte Nikolai Gordeev, les fondations de l'église ont été retrouvées. La restauration du temple a été soutenue par les autorités locales, et le projet a été réalisé par un architecte de Novossibirsk. Les travaux de restauration de l'église ont commencé en 1996 et en 2004, le temple a été consacré.

En 1999, la pierre angulaire pour le nouveau complexe temple a été consacrée. En 2000, les travaux ont commencé, et en 2001, la première brique a été posée. En 2002, les dômes ont été installés, et en 2003, les cloches ont été consacrées. En 2005, pour la première fois, un service a été célébré dans l'église en construction.