Храм Покрова и Рождества Пресвятой Богородицы от Пролома служил соборной церковью Покровского мужского монастыря, расположенного в юго-западной части Окольного города, рядом с Покровской башней, названной в честь монастыря. По некоторым источникам, храм был построен в 1399 году. Первое упоминание о монастыре в летописях относится к 1544 году, когда пожар повредил Покровский монастырь и Якиманскую улицу.

В 1582 году, после снятия осады Пскова, жители города во главе с воеводой Иваном Петровичем Шуйским перестроили Покровскую церковь, добавив к ней храм в честь Рождества Пресвятой Богородицы. Между двумя церквями была возведена классическая псковская звонница. Церковь стала памятником мужественной обороне города, здесь хранился синодик с именами погибших во время осады.

Главной святыней храма была чудотворная икона Богородицы Псково-Покровской, перед которой всегда горела лампада. На серебряной золоченой ризе была надпись о старце Дорофее и нападении войск Стефана Батория на Псков. В 1764 году монастырь был упразднен, а церковь Покрова и Рождества Богородицы оставлена без прихода, но с окладным жалованием. В 1813 году храм был приписан к церкви Никиты Гусятника.

В 1847-1848 годах церковь была перестроена. Вместо снесенной звонницы на пожертвования была возведена колокольня с пятью колоколами, а притвор расширен. В 1912 году сотрудник Псковского археологического общества В.И. Озелинг открыл и расчистил монастырский подземный ход, ведущий от двора Покровской церкви к Покровской башне и Баториеву пролому.

5 мая 1936 года церковь была закрыта. Во время немецко-фашистской оккупации Пскова храм пострадал. Чудотворная икона Богородицы Псково-Покровской была вывезена оккупантами и обнаружена лишь в 1970 году. Летом 2000 года канцлер Германии Герхард Шредер передал икону, выкупленную у частных владельцев, Президенту России Владимиру Путину. 7 сентября 2001 года икона вернулась в Псков и сейчас находится в Троицком соборе Псковского Кремля.

В 1960 году церковь была взята под охрану государства, а в 1961-1964 годах проведена реставрация, вернувшая зданию его первоначальный вид. Храм очень компактный: его длина с притвором составляет 17 метров, а ширина, 15 метров.