Le temple de la Protection et de la Nativité de la Sainte Vierge a servi de cathédrale pour le monastère masculin de la Protection, situé dans la partie sud-ouest de la ville d'Okolny, près de la tour de la Protection, nommée d'après le monastère. Selon certaines sources, le temple a été construit en 1399. La première mention du monastère dans les chroniques remonte à 1544, lorsque un incendie a endommagé le monastère de la Protection et la rue Yakimanskaya.

En 1582, après le retrait du siège de Pskov, les habitants de la ville, dirigés par le voïvode Ivan Petrovich Shuisky, ont reconstruit l'église de la Protection, y ajoutant un temple en l'honneur de la Nativité de la Sainte Vierge. Entre les deux églises, une classique cloche de Pskov a été érigée. L'église est devenue un monument de la défense courageuse de la ville, où était conservé un synodique avec les noms des morts pendant le siège.

La principale relique du temple était l'icône miraculeuse de la Vierge de Pskovo-Pokrovskaya, devant laquelle brûlait toujours une lampe. Sur la chasuble en argent doré, il y avait une inscription sur le vieux Dorofee et l'attaque des troupes de Stefan Batory sur Pskov. En 1764, le monastère a été supprimé, et l'église de la Protection et de la Nativité de la Vierge a été laissée sans paroisse, mais avec un salaire de fonctionnaire. En 1813, le temple a été rattaché à l'église de Nikita le Gousiatnik.

Entre 1847 et 1848, l'église a été reconstruite. Au lieu de la cloche démolie, une nouvelle cloche avec cinq cloches a été érigée grâce à des dons, et le vestibule a été agrandi. En 1912, un membre de la société archéologique de Pskov, V.I. Ozeling, a découvert et nettoyé le passage souterrain du monastère, menant de la cour de l'église de la Protection à la tour de la Protection et à la brèche de Batory.

Le 5 mai 1936, l'église a été fermée. Pendant l'occupation nazie de Pskov, le temple a été endommagé. L'icône miraculeuse de la Vierge de Pskovo-Pokrovskaya a été emportée par les occupants et n'a été retrouvée qu'en 1970. En été 2000, le chancelier allemand Gerhard Schröder a remis l'icône, rachetée à des propriétaires privés, au président russe Vladimir Poutine. Le 7 septembre 2001, l'icône est revenue à Pskov et se trouve maintenant dans la cathédrale de la Trinité du Kremlin de Pskov.

En 1960, l'église a été placée sous la protection de l'État, et entre 1961 et 1964, une restauration a été effectuée, restituant au bâtiment son apparence d'origine. Le temple est très compact : sa longueur avec le vestibule est de 17 mètres, et sa largeur, de 15 mètres.