Первые сведения о Похвальской церкви относятся к началу XVII века. Согласно «Сказанию об иконе Казанской Богоматери и основании Казанского монастыря», в 1609 году ярославский земский староста Василий Лыткин и его брат Третьяк перенесли выкупленный у поляков чудотворный образ Богородицы в церковь Похвалы в Дмитриевском приходе на посаде в Занетечке. Деревянная церковь Похвалы Богородицы в первой половине XVII века была двухалтарной. О втором престоле святого Георгия упоминается в «Благословенной грамоте» ростовского митрополита Варлаама от 1645 года. В этой грамоте говорится о разборке старой Похвальской церкви и подготовке участка для нового строительства. Митрополит Варлаам писал, что священник Иван и прихожане Дмитриевского прихода просили благословения на разборку старой церкви и строительство новой на том же месте с двумя престолами: Похвалы Пречистой Богородицы и святого Георгия.

Согласно книге Е. Черняева и В. Шилова «Церковь Дмитрия Солунского в Ярославле», на берегу Нетечи в начале XVI века были построены две деревянные церкви: Димитрия Солунского и Похвалы Богоматери с приделом Георгия Победоносца. Посвящение придела святому Георгию было логичным в контексте воинской традиции. После утраты суверенитета Ярославского княжества в 1463 году святой Георгий стал покровителем ярославских князей. Новый деревянный храм сгорел в пожаре 1658 года. Через год началось строительство новой церкви Похвалы Божией Матери, но средств на восстановление второго храма не было до 1670-х годов. В 1671 году священник Иоаникий обратился к митрополиту Ионе с просьбой разрешить строительство каменной церкви. Разрешение было получено, и летом того же года началось строительство. Однако материалов не хватило, и Иоаникий обратился за помощью к царю Алексею Михайловичу, который разрешил использовать кирпич, оставшийся от строительства городских башен. В 1672 году кирпич был доставлен, и строительство возобновилось. В 1673 году Иоаникий просил митрополита Иону освятить новую церковь.

Икона Богоматери Смоленской и Шуйской, в честь которой освятили главный алтарь, прославилась чудесами в 1654 году. Этот иконографический вариант был создан в честь окончания эпидемии. После канонизации образа в 1667 году списки иконы распространились в других городах. Появление нового алтаря в Дмитриевском приходе было связано с желанием прихожан поминать умерших от чумы. Деревянная церковь Похвалы Богоматери стояла до конца 1670-х годов. В 1677 году митрополит Иона разрешил строительство новой каменной церкви, которая впоследствии неоднократно перестраивалась. В 1835 году церковь была украшена живописью. Среди крупных вкладчиков конца XIX, начала XX века были купцы Николай Кузнецов и Спиридон Полетаев. На средства Кузнецова в 1891 году была построена каменная сторожка, а в 1902 году он обновил иконостас и украсил церковь. Полетаев пожертвовал средства на серебряный престол и украшения для икон. Храм Похвалы Пресвятой Богородицы вновь открылся в 1992 году. В 2003 году, спустя 74 года после закрытия, была совершена литургия в храме святого Димитрия Солунского. В 2004 году был отремонтирован придел 9 Кизических мучеников, который получил новое имя в честь святого Цесаревича Алексия. Престол освятил архиепископ Кирилл.