В 1666 году в монастыре возвели каменную церковь в честь преподобного Никона, Радонежского чудотворца, с придельным престолом святого Николая. Существовавшая отдельно деревянная Николаевская церковь была упразднена. В 1685 году вновь построили отдельную деревянную церковь в честь Николая Чудотворца, которая простояла до 1710 года, когда сгорела в пожаре в Юрьеве. В этом же пожаре уничтожена и соборная деревянная монастырская церковь Введения Пресвятой Богородицы. Единственной уцелевшей от пожара осталась Никоновская церковь.

В 1725 году к Никоновской церкви пристроили каменный придел в честь Введения Пресвятой Богородицы, заменив сгоревшую Введенскую церковь. Однако в 1763-1766 годах благодаря стараниям игуменьи монастыря Агафии и прихожан была вновь построена соборная церковь в честь Введения Богородицы, выполненная из камня и с пятью главами. После её возведения престол Введения в Никоновской церкви был переименован в Николаевский.