En 1666 se construyó en el monasterio una iglesia de piedra en honor al venerable Nikon, el milagroso de Radonezh, con un altar lateral en honor a San Nicolás. La iglesia de madera de Nicolás, que existía por separado, fue abolida. En 1685 se volvió a construir una iglesia de madera separada en honor a Nicolás el Milagroso, que permaneció en pie hasta 1710, cuando se quemó en un incendio en Yuriev. En este mismo incendio también fue destruida la iglesia de madera del monasterio dedicada a la Presentación de la Santísima Virgen. La única que sobrevivió al incendio fue la iglesia de Nikon.

En 1725 se añadió a la iglesia de Nikon un altar de piedra en honor a la Presentación de la Santísima Virgen, reemplazando la iglesia de Vvedenskaya que se había quemado. Sin embargo, entre 1763 y 1766, gracias a los esfuerzos de la abadesa del monasterio, Agafía, y de los feligreses, se volvió a construir la iglesia catedral en honor a la Presentación de la Virgen, hecha de piedra y con cinco cúpulas. Tras su construcción, el altar de la Presentación en la iglesia de Nikon fue renombrado como el de Nicolás.