Im Jahr 1666 wurde im Kloster eine steinerne Kirche zu Ehren des heiligen Nikon, des Wundertäters von Radonezh, mit einem Seitenaltar zu Ehren des heiligen Nikolaus errichtet. Die zuvor eigenständige hölzerne Nikolauskirche wurde abgerissen. Im Jahr 1685 wurde erneut eine separate hölzerne Kirche zu Ehren des heiligen Nikolaus errichtet, die bis 1710 stand, als sie im Brand von Jurjew verbrannte. Bei diesem Brand wurde auch die Kathedrale der hölzernen Klosterkirche der Einführung der Heiligen Gottesmutter zerstört. Die einzige, die dem Feuer entkam, war die Nikon-Kirche.

Im Jahr 1725 wurde an die Nikon-Kirche ein steinerner Seitenaltar zu Ehren der Einführung der Heiligen Gottesmutter angebaut, um die verbrannte Einführungskirche zu ersetzen. Doch in den Jahren 1763-1766 wurde dank der Bemühungen der Äbtissin des Klosters Agafija und der Gemeindemitglieder erneut eine Kathedrale zu Ehren der Einführung der Gottesmutter aus Stein mit fünf Kuppeln erbaut. Nach ihrer Errichtung wurde der Altar der Einführung in der Nikon-Kirche in Nikolauskirche umbenannt.