Село Бужаниново расположено рядом с озером, носящим то же название. Уже в начале XV века оно существовало вместе с многочисленными деревнями и приселками. Первоначально село принадлежало Ивану Борзому, затем перешло к Ульяне, жене Ивана Михайловича Зворыкина. Отец Ивана, Михаил, в 1490 году ездил в Литву в качестве посла от великого князя Иоанна III к королю Казимиру. В 1543 году Ульяна разделила село между сыновьями Юрием и Федором. В 1544-1547 годах имения были проданы Троице-Сергиеву монастырю, во владении которого Бужаниново оставалось до 1764 года, когда монастырские вотчины были ликвидированы.

История церкви в Бужанинове начинается одновременно с историей села. В 1543 году в раздельной записи братьев Зворыкиных упоминается храм «Никола Чудотворец да предел Иван Святый, списатель листовицы». В церкви служил священник Лаврентий Романов. Поскольку в 1627 году в писцовых книгах придела во имя Иоанна Лествичника уже не значится, вероятно, деревянный храм был разрушен во время польского нашествия и затем восстановлен. В 1678 году в Никольской церкви служили священник Михаил Иванов и дьячок Митька Федосеев. В 1719 году священником был Адриан Михайлов, дьячком Иван Дмитриев, пономарем Григорий Евдокимов и сверхштатным диаконом Василий Андреев. В 1734 году в Бужанинове построили новую деревянную церковь вместо обветшавшей. Ее освятил архимандрит Варлаам, настоятель Троице-Сергиева монастыря, во имя святителя Николая Чудотворца. В 1827 году началось строительство каменной церкви на средства прихожан, и в 1830 году она была освящена. В храме два престола: центральный во имя святителя Николая Чудотворца и боковой в честь Богоявления Господня. Храм является памятником архитектуры в стиле ампир.

В 1940 году храм был закрыт, а колокольня разрушена. В здании разместили склады совхоза «Труд».

В октябре 1990 года разрушенное здание церкви передали православной общине верующих из Бужанинова и окрестных деревень. Первым настоятелем стал священник Николай Недосекин, затем его сменил священник Анатолий Мавленков. С ноября 1996 года настоятелем Никольской церкви стал священник Николай Ляхов. К моменту его назначения здание церкви было в плачевном состоянии: наполовину разрушено, стены покрыты мхом, а на месте купола росли березы. Московское Епархиальное Управление оказало первую финансовую помощь на восстановление храма, закупив в 1997 году комплект колоколов. Была сооружена временная деревянная звонница. С 1997 года началось активное восстановление храма: сделали кровлю, оштукатурили стены, установили крест на купол. 10 мая 1998 года архиепископ Можайский Григорий освятил главный престол. С 1999 года началось воссоздание колокольни и строительство дома причта, где планировалась воскресная школа. Эти работы завершились в 2004 году, и объекты используются по назначению. На новую колокольню подняли колокола, которые теперь призывают людей задуматься о духовном. В воскресной школе обучаются около 15 детей, изучая Закон Божий, пение и рисование. Прихожане вместе с настоятелем продолжают благоукрашать храм. Благодаря помощи благодетелей, удалось сделать теплые полы, благоустроить территорию и восстановить ограду. В 2000 году к престольному празднику храму была передана частица мощей святителя Николая. Среди святынь храма также частицы Древа Господня и мощей других святых. В 1999 году в храм вернулась икона XIX века семи отроков Ефесских, спрятанная в 1941 году. Теперь ежегодно 17 августа в день памяти святых Ефесских отроков совершается всенощное бдение и молебен. Настоятель занимается просветительской работой, после богослужений раздаются евангелия и молитвословы. Приход окормляет детский дом-интернат по соседству.