Le village de Boujaninovo est situé près d'un lac portant le même nom. Dès le début du XVe siècle, il existait avec de nombreux villages et hameaux. À l'origine, le village appartenait à Ivan Borzom, puis passa à Uliana, épouse d'Ivan Mikhaïlovitch Zvorikine. Le père d'Ivan, Mikhaïl, se rendit en Lituanie en 1490 en tant qu'ambassadeur du grand-duc Ivan III auprès du roi Casimir. En 1543, Uliana partagea le village entre ses fils Youri et Fiodor. Entre 1544 et 1547, les propriétés furent vendues au monastère de la Trinité-Sergueïev, dont Boujaninovo resta la propriété jusqu'en 1764, lorsque les biens monastiques furent liquidés.

L'histoire de l'église à Boujaninovo commence en même temps que l'histoire du village. En 1543, dans un enregistrement séparé des frères Zvorikine, il est fait mention d'un temple « Nicolas le Miracle-Worker et le prieur Jean le Scévola, écrivain de la liste ». Le prêtre Lavrenti Romainov officiait dans l'église. Comme en 1627, dans les livres de recensement, le prieur en l'honneur de Jean le Scévola n'est déjà plus mentionné, il est probable que le temple en bois ait été détruit lors de l'invasion polonaise puis restauré. En 1678, dans l'église de Nicolas, officiaient le prêtre Mikhaïl Ivanov et le diacre Mitka Fiodoséïev. En 1719, le prêtre était Adrian Mikhaïlov, le diacre Ivan Dmitriev, le psalmiste Grigori Evdokimov et le diacre supplémentaire Vassili Andreïev. En 1734, une nouvelle église en bois fut construite à Boujaninovo pour remplacer l'ancienne en ruine. Elle fut consacrée par l'archimandrite Varlaam, supérieur du monastère de la Trinité-Sergueïev, au nom de saint Nicolas le Miracle-Worker. En 1827, la construction d'une église en pierre avec les fonds des paroissiens commença, et en 1830, elle fut consacrée. L'église a deux autels : l'autel central au nom de saint Nicolas le Miracle-Worker et un autel latéral en l'honneur de l'Épiphanie du Seigneur. L'église est un monument architectural de style Empire.

En 1940, l'église fut fermée et le clocher détruit. Le bâtiment fut utilisé comme entrepôt pour le sovkhoze « Trud ».

En octobre 1990, le bâtiment détruit de l'église fut remis à la communauté orthodoxe des croyants de Boujaninovo et des villages environnants. Le premier prêtre fut Nicolas Nedosekin, puis il fut remplacé par le prêtre Anatoli Mavlenkov. Depuis novembre 1996, le prêtre Nicolas Liakhov est devenu le recteur de l'église de Nicolas. Au moment de sa nomination, le bâtiment de l'église était dans un état lamentable : à moitié détruit, les murs couverts de mousse, et des bouleaux poussaient à la place du dôme. L'administration diocésaine de Moscou a fourni une première aide financière pour la restauration de l'église, achetant en 1997 un ensemble de cloches. Une cloche en bois temporaire fut construite. Depuis 1997, la restauration active de l'église a commencé : le toit a été refait, les murs ont été plâtrés, et une croix a été installée sur le dôme. Le 10 mai 1998, l'archevêque de Mozhaïsk Grigori a consacré l'autel principal. Depuis 1999, la reconstruction du clocher et la construction de la maison du clergé, où une école du dimanche était prévue, ont commencé. Ces travaux se sont achevés en 2004, et les bâtiments sont utilisés comme prévu. De nouvelles cloches ont été installées dans le clocher, qui appellent désormais les gens à réfléchir sur le spirituel. Environ 15 enfants étudient à l'école du dimanche, apprenant la Loi de Dieu, le chant et le dessin. Les paroissiens, avec le recteur, continuent d'embellir l'église. Grâce à l'aide de bienfaiteurs, il a été possible de faire des sols chauffants, d'aménager le terrain et de restaurer la clôture. En 2000, une parcelle des reliques de saint Nicolas a été remise à l'église pour la fête patronale. Parmi les reliques de l'église, il y a aussi des morceaux du bois du Seigneur et des reliques d'autres saints. En 1999, une icône du XIXe siècle des sept jeunes d'Éphèse, cachée en 1941, est revenue à l'église. Maintenant, chaque année, le 17 août, le jour de la mémoire des saints jeunes d'Éphèse, une veillée et une prière sont célébrées. Le recteur s'engage dans un travail éducatif, après les services divins, des évangiles et des livres de prières sont distribués. La paroisse soutient un foyer pour enfants à proximité.